Autor:

Andres Tennus

Kaitstud doktoritööd

Siit lehelt leiad kaitstud doktoritööd alates instituudi loomisest. Esimene doktoritöö kaitsti meie instituudi nõukogus aastal 1991.
Kokku on siin andmed rohkem kui 200 kaitstud doktoritöö kohta. Sisestatud ei ole meie inimeste doktoritöid, mis on kaitstud välisülikoolides.

Uuemad tööd on leitavad ka ülikooli raamatukogu digitaalsest repositrooriumist DSpace (otsing autori nime alusel).
Vanematest aastakäikudest on DSpace repositooriumist terve rida töid puudu.

Doktoritööde koondvaade

11. juunil kaitses Sirelin Sillamaa doktoritöö „Helikaaside Hmi1 ja lrc3 roll pärmi mitokondriaalse DNA säilitamisel“ („The role of helicases Hmi1 and lrc3 in yeast mitochondrial DNA maintenance“).

Juhendajad:
professor Juhan Sedman, Tartu Ülikool
kaasprofessor Priit Jõers, Tartu Ülikool

Oponent:
professor Pawel Golik, Varssavi Ülikool (Poola)

Kokkuvõte
Mitokonder on multifunktsionaalne rakuorganell, mille üheks olulisemaks ülesandeks on oksüdatiivne fosforüleerimine, mille tagab mitokondriaalne hingamisahel. Hingamisahel pannakse mitokondris kokku põhiliselt tuuma genoomi poolt sünteesitud valkudest, kuid väikene osa valke sünteesitakse ka mitokondri enda väikese genoomi poolt. Mitokondriaalse DNA säilitamine on oluline eukarüootse raku ellu jäämiseks ja ka väiksemad ümberkorraldused mitokondri genoomis viivad inimestel erinevate mitokondriaalsete haiguste tekkimiseni.

Pagaripärm S. cerevisiae on eriline mudelorganism, kuna suudab fermentatiivsel süsinikuallikal ellu jääda ka ainult osalise või täielikult puuduva mitokondriaalse DNA-ta. See võimaldab uurida erinevate valkude puudumise mõju mitokondriaalse DNA säilimisele. Üheks selliseks valkude grupiks on helikaasid, mis kasutavad erinevate nukleiinhapete modifitseerimiseks ja lahti sidumiseks ATP hüdrolüüsi energiat.

Doktoritöö keskendub kahe pärmi-spetsiifilise mitokondriaalse DNA helikaaside Hmi1 ja Irc3 funktsiooni uurimisele. Doktoritöö tulemused näitavad, et Irc3-laadsed helikaasid on olulised hargnenud DNA molekulide modifitseerimises, et vältida kahjustatud ja katki läinud DNA molekulide kuhjumist rakus, mis viiks aja jooksul mitokondriaalse DNA kadumiseni. Lisaks sellele on Irc3-laadse helikaasid tõenäoliselt olulised ka RNA metabolismis ja see funktsioon, võib mõjutada ka mitokondriaalse DNA säilimist.

Hmi1 helikaas on hädavajalik funktsionaalse mitokondriaalse genoomi säilimiseks S. cerevisiae rakkudes. Erinevalt paljudest teistest helikaasidest ei ole ATP hürdolüüs hädavajalik Hmi1 funktsioneerimiseks. Doktoritöö tulemused näitavad, et Hmi1 omab mitokondris nii ATP hüdrolüüsist sõltuvat kui ka sõltumatut funktsiooni.

Selle doktoritöö tulemused laiendavad arusaama mitokondriaalsete helikaaside mitmekülgsusest ja aitavad kaasa mitokondriaalse DNA säilimise komplekse süsteemi mõistmisele.

5. juunil kaitses Natàlia Pujol Gualdo doktoritöö „Naiste reproduktiivtervisega seotud tunnuste geneetiliste seoste tõlgendamine“ („Decoding genetic associations of female reproductive health traits“).

Juhendajad:
kaasprofessor Triin Laisk, Tartu Ülikool
professor Reedik Mägi, Tartu Ülikool
professor Terhi Piltonen, Oulu Ülikool
dr Riikka Arffman, Oulu Ülikool

Oponent:
dr Ilkka Kalliala, Helsingi Ülikool

Kokkuvõte:
Geneetiline varieeruvus, eriti üksiku nukleotiidi polümorfismid, mõjutavad erinevate komplekshaiguste eelsoodumust. Ülegenoomsetes seoseuuringutes (GWAS) on leitud tuhandeid seoseid eri geneetiliste variantide ja haiguste vahel. Samas on teadmised naiste reproduktiivtervise tunnuste geneetilise eelsoodumuse kohta piiratud, kuna vaid väike osa kõigist GWAS-uuringutest keskendub sellele valdkonnale. Populatsioonipõhised biopangad, nagu Eesti geenivaramu, ning rahvastikupõhised sünnikohordid, nagu Northern Finland Birth Cohort 1966, pakuvad väärtuslikku raamistikku selle valdkonna uuringuteks. Tänu metoodika arengule saab GWAS-uuringute tulemuste põhjal haigusega seotud geneetilistest variantidest liikuda edasi potentsiaalselt mõjutatud geenide, valkude, bioloogiliste radade ja kudedeni. Seega on GWAS-uuringud aluseks uutele hüpoteesidele, mida saab kinnitada funktsionaalsete eksperimentide abil. Tunnuste geneetilise komponendi mõistmine on oluline, kuna see võib anda ülevaate haiguse etioloogiast ning pakkuda uusi võimalusi haigusriskide ennustamiseks ja uuteks ravimsihtmärkideks. GWAS-uuringute tulemuste põhjal saab koostada ka polügeenseid riskiskoore (PRS), mis annavad kokkuvõtliku hinnangu indiviidi geneetilisele eelsoodumusele teatud tunnuse puhul. PRS-i abil saab hinnata haigusriske ja lisaks saab seda kasutada vahendina haiguse bioloogia lisauurimiseks, näiteks seoses kaasuvate haigustega. PRS-id on kesksel kohal personaalmeditsiini poole püüdlemisel. Doktoritöö eesmärk on dešifreerida naiste reproduktiivtervise teatud tunnuste geneetilisi aluseid ülegenoomsete seoseuuringute abil ning kasutadaa PRS-i nii riskide stratifitseerimisel kui ka tunnuste bioloogia uurimisel. Minu teadustöö ühendab genoomika ja naiste reproduktiivtervise ning loob uusi teadmisi, kasutades selleks suuri genoomikaandmestikke, mida täiendavad elektroonsed terviseandmed ja bioloogilised mõõtmised.

31. mail kaitses Maarja Jõeloo doktoritöö „Arengud mikrokiibipõhiste koopiaarvu variatsioonide tuvastamises ja fenotüüpidega seostamises“ („Advances in microarray-based copy number variation discovery and phenotypic associations“).

Juhendajad:
professor Reedik Mägi, Tartu Ülikool
professor Andres Metspalu, Tartu Ülikool
professor Andres Salumets, Tartu Ülikool
professor Andrew P. Morris, Manchesteri Ülikool (Suurbritannia)

Oponent:
Elliott G. Rees, Cardiffi Ülikool (Suurbritannia)

Kokkuvõte:
Bioloogiatunnis õpetatakse, et igal inimesel on kogu DNA-st kaks koopiat – üks emalt, teine isalt. Uurides genoomi lähemalt, võib aga mitmete DNA piirkondade puhul näha sellest reeglist kõrvalekaldeid. Neid põhjustavad muutused inimese genoomis, mille tulemusena on mingi DNA piirkond kadunud või mitmekordistunud, ning mida nimetatakse DNA koopiaarvu variatsioonideks (ingl copy number variation, CNV). Algselt seostati CNV-sid eelkõige raskekujuliste arenguhäiretega, kuid nüüdseks on teada, et CNV piirkondi leidub kõigi inimeste DNA-s. Sellest hoolimata on CNV-de mõju inimese terviseriskidele hinnatud märkimisväärseks. Et nende efekti paremini selgitada, oleme oma töös keskendunud CNV-de analüüsimetoodika arendamisele ning CNV-de ja haiguste ning muude meditsiiniliselt oluliste tunnuste vaheliste seoste tuvastamisele. CNV piirkondade määramine on arvutuslikult keerukas ning valepositiivsete leidude osakaal on suur. Et hinnata iga leitud CNV piirkonna usaldusväärsust, lõime kvaliteedimudeli, mille kasutamine suurendas oluliselt CNV-de ning huvipakkuvate tunnuste vaheliste seoste tuvastamise võimekust. Ülejäänud töös keskendusimegi selliste seoste leidmisele. Koostöös erinevate andmekogude ja biopankadega tuvastasime kokku mitusada seost CNV-de ning mitmete haiguste ja muude tunnuste vahel. Nägime, et tihti on üks CNV seotud mitme väga erineva haiguse või tunnusega. Ühte sellist, inimese 16. kromosoomis paiknevat CNV-d, mida oli varasemalt seostatud autismi, skisofreenia, pea ümbermõõdu ja kehamassiindeksiga, seostasime lausa 38 eri tunnusega, sealhulgas puberteedi alguse vanusega. Piirkonda lähemalt uurides leidsime sealt kaks geeni, millele ennustasime põhjuslikku mõju puberteedieale. Kokkuvõttes parendab meie töö CNV-de määramise metoodikat ning annab ülevaate haiguste ja muude tunnustega seotud uutest CNV-dest ning nendes paiknevatest põhjuslikest geenidest. Nende analüüsidega astume sammu lähemale huvipakkuvate tunnuste geneetilise tagapõhja täielikule määramisele.

28. juunil 2023 kell 10.15 kaitses Rain Inno geenitehnoloogia õppekaval ja geenitehnoloogia erialal doktoritööd „Placental transcriptome and miRNome in normal and complicated pregnancies“ („Platsenta transkriptoom ja miRNoom tervete ja komplikatsioonidega raseduste korral“).

Juhendaja:
professor Maris Laan, Tartu Ülikool

Oponent:
professor Udo R. Markert, Jena Ülikooli Haigla (Saksamaa)

DSpace

Kokkuvõte:
Iga raseduse kulg on unikaalne, aga iga ema soov on see läbida komplikatsioonideta ning saada endale täie tervise juures vastsündinu. Palju oleneb raseda elustiilist ja geneetikast, millise tulemini jõutakse. Ma saame elustiili harjumusi muuta ja parandada, aga geneetikaga saame hinnata võimalike probleemide riske. Selle jaoks vajame täpseid teadmisi, kuidas platsentas geenide ja mikroRNAde ekspressioon on reguleeritud. Platsenta töötab kui ema ja loote vaheline suhtlusvahend, reguleerides hapniku ja toitainete transporti lootele ja sealsete jääkainete eemaldamist. Platsenta kasv on kiire ning selle jaoks on vajalik täpne geenide ekspressiooni taseme regulatsioon, et tagada lootele võimalikult soodne kasvukeskkond. Üheks geenide ekspressiooni regulaatoriteks on mikroRNAd, mis võimaldavad kiiresti reguleerida geenide ekspressiooni taset. Käesolev uuring keskendus geenide ja mikroRNAde profiili uurimisele platsenta koes tervete ja komplikatsioonidega raseduste korral. Lisaks hindasime, millised regulaatorid on veel olulised mikroRNAde ekspressiooni taseme muutuseks. Leidsime, et preeklampsia korral on platsentas muutunud suurel hulgal geenide (n=215) ja mikroRNAde (n=66) ekspressiooni tase võrreldes normaalsete platsentadega. Lisaks leidsime, et tulenevalt gestatsiooni ajast on mikroRNAdel varieeruv ekspressiooni profiil. Platsenta spetsiifiliste mikroRNAde analüüsimisel leidsime, et vastavalt mikroRNA klastrile on neil kindel gestatsiooni ajast tingitud ekspressioon. Geenide ja mikroRNAde ekspressiooni andmestikku omavahelisel võrdlusel leidsime nendevahelise tugeva seose, mis võimaldas mikroRNAd grupeerida funktsiooni alusel. Andmete analüüs, mis kasutab ühiselt nii geenide kui mikroRNAde ekspressiooni andmeid, annab meile parema ülevaate, kuidas erinevad raseduskomplikatsioonid mõjutavad geenide ja mikroRNAde ekspressiooni muutust.

Õppekava: geenitehnoloogia

Eriala: geenitehnoloogia

22. augustil kell 10.15 kaitses Sirli Rosendahl molekulaarbioloogia erialal doktoritööd „Fitness effects of chromosomal toxin-antitoxin systems in Pseudomonas putida“ („Kromosomaalsete toksiin-antitoksiin süsteemide mõju Pseudomonas putida kohasusele“).

Juhendaja:
kaasprofessor Rita Hõrak, Tartu Ülikool

Oponent:
professor Pierre Genevaux, Paul Sabatier' Ülikool (Toulouse, Prantsusmaa)

DSpace

Kokkuvõte:
Enamiku bakterite kromosoomides leidub mitmeid toksiin-antitoksiin (TA) lookusi, mis kodeerivad bakterile kahjulikku toksiini ning seda neutraliseerivat antitoksiini. Selliste potentsiaalselt surmavate geenide laialdane levik bakterite genoomides on üllatav ning võiks viidata, et TA süsteemid on bakterile mingit moodi kasulikud. Kuigi TA süsteeme on põhjalikult uuritud, pole seni jõutud üksmeelele nende tähtsuses bakteritele. On näidatud, et mõned TA süsteemid stabiliseerivad genoomis leiduvat mobiilset DNA-d, samas kui teised kaitsevad baktereid faagirünnaku korral. Arvatakse, et mõned TA süsteemid võivad olla olulised bakteri stressivastuses. Samas leidub ka uuringuid, mis viitavad, et TA süsteemid võivad olla isekad DNA elemendid, millest pole bakterile mingit kasu. Käesolev doktoritöö keskendub mullabakteri Pseudomonas putida kromosoomis leiduvatele TA süsteemidele, millest kõige põhjalikumalt on seni uuritud GraTA süsteemi. Toksiin GraT on vaid mõõdukalt toksiline ribosoom-sõltuv mRNaas, mis põhjustab külmatundlikku kasvu- ja ribosoomi biogeneesi defekti. Üllatuslikult leiti, et GraT põhjustatud ribosoomi biogeneesi defekti mõjutab bakteri peamine šaperonvalk DnaK, kuid varasemates katsetes jäi DnaK täpne roll selgusetuks. Kuigi GraT on funktsionaalne toksiin ja mõjutab antitoksiini GraA puudumisel P. putida stressitaluvust, ei ole kogu TA süsteemi deleteerimisel P. putida’le mingit efekti. See tõstatas küsimuse, et milline on graTA lookuse ning teiste TA süsteemide tähtsus P. putida’le. Kasutades proteoomi analüüsi, kirjeldab käesolev doktoritöö P. putida vastust toksiinile GraT. Samuti selgitati DnaK šaperoni rolli GraT toksilisuse reguleerimisel. Selgus, et DnaK soodustab GraT toksilisust, abistades ilmselt GraT-d voltumisel. Doktoritöö näitab, et uuritud tingimustes pole 13 TA süsteemist P. putida’le kasu. Pigem võivad nad teatud tingimustes, nagu konkurentsikatsetes ja faagirünnaku korral, bakteri kohasust vähendada. Käesoleva doktoritöö tulemused avardavad teadmisi TA süsteemide bioloogilise tähtsuse kohta ja viitavad selgelt TA süsteemide isekale olemusele.

Õppekava:
molekulaar- ja rakubioloogia

Eriala:
molekulaarbioloogia

12. septembril kell 15.15 kaitses Mathilde André geenitehnoloogia erialal doktoritööd „New Guinea, a hotspot for Human evolution: settlement history and adaptation in northern Sahul“ („Anatoomiliselt kaasaegse inimese evolutsioon Uus Guineas: asustamise, arhailiste inimlastega segunemise ja kohastumuste aja lugu“).

Juhendajad:
Mayukh Mondal, Tartu Ülikooli genoomika instituudi evolutsioonilise geneetika teadur; Kieli Ülikooli (Saksamaa) kliinilise molekulaarbioloogia instituudi teadur
François-Xavier Ricaut, Toulouse'i Ülikooli (Prantsusmaa) Riikliku Teadusuuringute Keskuse (CNRS) evolutsiooni ja bioloogilise mitmekesisuse osakonna vanemteadur.

Oponent:
Kaasprofessor Ian Mathieson, Pennsylvania Ülikooli geneetika osakond (USA)

DSpace

Kokkuvõte:
Uus-Guinea on üks anatoomiliselt moodsa inimese poolt kõige kauem järjestikku asustatud paiku väljaspool Aafrikat. Endiselt on saladuskatte all inimeste täpne teekond Uus-Guineasse. Üks viis võimalike stsenaariumite uurimiseks on luua erinevate hüpoteeside jaoks mudelid ja arvutada nende tõenäosus lähtuvalt tänapäeva uusguinealaste genoomiandmetest. Jõudnud kohale, pidid esmaasukad silmitsi seisma väga erinevate maastikega, sealhulgas Okeaania kõrgeimad tipud. Vaatamata kõrgel elamisega kaasnevatele väljakutsetele, näiteks hapniku vähesem kättesaadavus, on mäestikualad tänaseks kõige tihedamini asustatud piirkonnad Uus-Guineas. Ka sealsetes madalamates piirkondades on mitmeid takistusi ellujäämisele, näiteks suur hulk erinevaid patogeene. Kui populatsioon on keerulistes keskkonnaoludes tuhandeid aastaid järjest, võivad mõned antud keskkonnatingimustes ellujäämist soodustavad omadused hakata populatsioonis levima. Seda protsessi nimetatakse positiivseks looduslikuks valikuks, mis aja jooksul jätab kohalike indiviidide genoomidesse kindla jälje, mida saab erinevate testidega tuvastada. Käesolevas töös esitame Paapua Uus-Guinea esmaasukate võimalikud teekonnad enne ala täielikku asustamist ning näitame kuidas keskkonnast tingitud stress on läbi loodusliku valiku mõjutanud paapuauusguinealaste genoome. Iseloomustasime Paapua Uus-Guinea inimeste geneetilist ja fenotüüpilist mitmekesisust, analüüsides varem avaldamata täisgenoome ja selle töö jaoks mõõdetud uusi fenotüübiandmeid. Meie esimene uuring kirjeldab ülegenoomsete andmete analüüsil saadud esimesi Uus-Guinea asustamise mudeleid. Teises uuringus tuvastame genoomsed piirkonnad, mis sattusid valiku alla tulenevalt uutest keskkonnatingimustest peale Uus-Guinea asustamist. Kolmas uuring kirjeldab Paapua Uus-Guinea mäestiku- ja tasandikuelanike fenotüüpilisi erinevusi. Viimaks meie neljas uuring tuvastab mäestiku- ja tasandikuelanike genoomsed piirkonnad, mis on iseloomulikult loodusliku valiku all just neis rahvagruppides.

Õppekava:
geenitehnoloogia

Eriala:
geenitehnoloogia

19. septembril kell 14.15 kaitses Vlad-Julian Piljukov molekulaarbioloogia erialal doktoritööd „Biochemical characterization of Irc3 helicase“ („Irc3 helikaasi biokeemiliste parameetrite analüüs“).

Juhendaja:
professor Juhan Sedman, Tartu Ülikool

Oponent:
Dr. Jaakko Pohjoismäki, Ida-Soome Ülikool (Soome)

DSpace

Kokkuvõte:Mitokondril, raku organellil, mis on peamiselt tuntud raku energia tootmise eest, on märkimisväärne omadus – eraldiseisva ja autonoomse genoomi olemasolu. Kui see genoom kahjustub või kaob, põhjustab see tavaliselt kohutavaid tagajärgi, mis ulatuvad haigustest kuni surmani. Teadlased on sageli kasutanud pagaripärmi Saccharomyces cerevisia selleks, et uurida kuidas rakud säilitavad oma mitokondriaalset DNA-d. See pärm on ideaalne mudel mitokondrit mõjutavate mutatsioonide uurimiseks, sest ta on võimeline ellu jääma ilma toimiva mitokondriaalse genoomita, mis tavaliselt põhjustab keerulisemates organismides surma. Pärmi mitokondris on palju erinevaid valke, mis osalevad mitokondriaalse genoomi säilimises. Nende seas on üks oluline klass valke, mida nimetatakse helikaasideks. Helikaasid on ensüümid, mis töötavad nagu väikesed mootorid kasutades ATP energiat DNA ja RNA molekulide peal roomamiseks ja nende ümberkorraldamiseks. Üks pärmi mitokondris leitud helikaasidest, Irc3, on meie erilist tähelepanu pälvinud. Irc3 tüüpi valgud esinevad erinevates pärmi liikides, kuid mitte teistes organismides. Termotolerantsest pärmist Ogataea polymorpha pärinev Irc3 võib toimida suhteliselt kõrgetel temperatuuridel, mis on helikaaside puhul haruldane omadus. Lisaks interakteerub Irc3 nii DNA kui ka RNA molekulitega, mis on samuti suhteliselt haruldane omadus helikaaside seas. Irc3 uurimine seob tema rolli mitokondriaalse genoomi säilitamisega ja viimastes uuringutes on seda seostatud ka RNA helikaasi funktsioonide täitmisega valgu molekuli sünteesi käigus. Lisaks viitavad Irc3 haruldased biokeemilised omadused potentsiaalsele rollile pärmi DNA ja RNA metabolismide sünkroniseerimisel. Lisaks oma fundamentaalsele tähtsusele selles osas kuidas pärmi mitokondrid säilitavad oma geneetilist materjali, võivad antud uuringu tulemused tulevikus pakkuda ka uusi sihtmärke ravimite arendamiseks.

Õppekava:
molekulaar- ja rakubioloogia

Eriala:
molekulaarbioloogia

10. novembril kell 9.15 kaitses Mariann Koel rakubioloogia erialal doktoritöö „The molecular interactions between trophoblast and endometrial cells in embryo implantation“ („Trofoblastide ja endomeetriumi rakkude molekulaarsed interaktsioonid embrüo implantatsioonil“).

Juhendajad:
kaasprofessor Viljar Jaks, Tartu Ülikool

professor Andres Salumets, Tartu Ülikool

kaasprofessor Kaarel Krjutškov, Tartu Ülikool

Oponent:
doktor Kalle Rytkönen, Biomeditsiini Instituut, Turu Bioteaduste Keskus (Soome)

Dspace

Kokkuvõte:

Uue elu algus ja rasedus võivad esmapilgul tunduda üks loomulikumaid etappe naise elus, samas on see osutunud paljude paaride jaoks tõsiseks proovikiviks. Kuigi kehavälise viljastamise abiga sünnib igal aastal üha enam lapsi, siis endiselt ei õnnestu paljudel naistel seeläbi rasestuda. Mõistetavatel eetilistel põhjustel ei ole inimese embrüo pesastumist võimalik uurida naise organismis, seega on alternatiivsed uuringud vajalikud, mõistmaks mehhanisme, mis reguleerivad embrüo kinnitumist. Käesolev doktoritöö keskendub molekulaarsele suhtlusele endomeetriumi ja embrüo trofoblasti rakkude vahel. Kirjeldab naise endomeetriumi koe küpsemist ning selle protsessi seost geeniekspressiooni mustri muutustega kahes põhilises endomeetriumi rakutüübis - strooma ja epiteeli rakkudes. Selle uuringu põhjal töötati välja uus geenide aktiivsuse analüüsi meetod, mille abil määratakse endomeetriumi retseptiivsuseks oluliste RNA molekulide taset, eesmärgiga leida viljatusravi saava naise jaoks embrüo siirdamiseks parim aeg. Põhinedes rakutüübi-põhistele geenide avaldumise andmetele kirjeldati ligikaudu 550 valk-valk seost, mis moodustavad molekulaarse võrgustiku embrüo ja endomeetriumi rakkude vahel ning on vajalikud uue elu alguseks. Lisaks embrüo kinnitumisele on raseduse edukaks lõpuni kandmiseks vajalik õigesti arenev platsenta, mis võimaldab lootel normaalselt kasvada ja areneda. Selleks on määrava tähtsusega trofoblasti rakkude diferentseerumine. Doktoritöös uuriti inimese embrüonaalsete tüvirakkude diferentseerimise meetodeid trofoblasti-sarnasteks rakkudeks läbi BMP4 signaaliraja aktiveerimise ja TGBβ ja FGF2 signaaliradade inhibeerimise. Siin esitatud teadmised on oluliseks panuseks tulevastesse reproduktiivuuringutesse luues uusi võimalusi embrüo edukaks siirdamiseks ning uute prognostiliste ja diagnostiliste biomarkerite arendamiseks, mida kasutada viljatuse diagnostikas ning ravi optimeerimises.

Õppekava:
molekulaar- ja rakubioloogia

Eriala:
rakubioloogia

20. novembril kell 14.15 kaitses Kaspar Reier molekulaarbioloogia erialal doktoritöö „Quantity, stability and disparity of ribosomal components in Escherichia coli stationary phase“ („Muutused ribosoomi ja ribosoomiga seotud valkude kogustes soolekepikese statsionaarses kasvufaasis“).

Juhendajad:

kaasprofessor Aivar Liiv, Tartu Ülikool

emeriitprofessor Jaanus Remme, Tartu Ülikool

Oponent:

professor Suparna Chandra Sanyal, molekulaarbioloogia osakonna juhataja, Uppsala Ülikool (Rootsi)

Dspace

Kokkuvõte:

Ribosoomid on molekulaarsed kompleksid, mis esinevad kõikides elusorganismides. Ribosoomide ülesandeks eluslooduses on valkude süntees. Valgud on aminohapetest koosnevad polümeerid, mis viivad läbi mitmeid funktsioone bioloogias. Osadel valkudel on katalüütiline aktiivsus, samas teistel on mehhaaniline või struktuurne roll eluslooduses. Huvitaval kombel koosnevad ribosoomid ise valkudest, ergo nende peamise funktsiooni, valgusünteesi produkt, on vajalik nende endi efektiivseks funktsioneerimiseks. R-valkude uurimine on hädavajalik selleks, et mõista molekulaarseid mehhanisme, nagu näiteks antibiootikumide resistentsus, valgusünteesi regulatsioon ja kontroll ning ribosoomide kokkupanemine ja lagundamine. Selles töös uuriti ribosoomide stabiilsust ning võimekust valke sünteesida statsionaarses kasvufaasis, ennekõike keskendudes r-valkudele. Statsionaarne kasvufaas kirjeldab bakterite elutsükli osa, kus nende kasv on piiratud. Töös on näidatud kuidas mudelorganismi Soolekepikese ribosoomide valguline koostis muutub üleminekul statsionaarsesse kasvufaasi. Huvitaval kombel muutub ribosoomide valguline koostis mitte ainult statsionaarse kasvufaasi alguses, vaid ka statsionaarse kasvufaasi süvenedes. Korrelatsioonis ribosoomi valgulise koostise muutusega, näeme ka ribosoomi valgu sünteesi aktiivsuse muutust statsionaarse kasvufaasi käigus. Lisaks sellele näitame kuidas erineb individuaalsete r-valkude stabiilsus statsionaarses kasvufaasis. Stabiilsuse põhjal jagunevad r-valgud kahte gruppi: 30 stabiilset r-valku ning 21 ebastabiilset r-valku. Saadud tulemused täiendavad meie teadmisi ribosoomide ning nende poolt läbi viidava valgusünteesi kohta mitte-optimaalsetes kasvu tingimustes.

Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia

Eriala: molekulaarbioloogia

13. mail 2022 kell 14.15 kaitses Kreete Lüll oma doktoritööd „Investigating the relationships between human microbiome, host factors and female health“ („Inimese mikrobioomi mõjutavad faktorid ning seosed naiste tervisega“).

Juhendaja:
kaasprofessor Elin Org, Tartu Ülikool

Oponent:
dr Anne Salonen, Helsingi Ülikool, Soome

Kokkuvõte
Viimastel aastatel on inimese mikrobioomi ja tervise vaheliste seoste uurimine olnud väga aktuaalseks teemaks teaduses. Mikrobioomi olulisus väljendub nii ainevahetusprotsesside, kui ka närvi- ja immuunsüsteemi töös ning toimimises. Mikrobioomi ennast mõjutavad mitmed erinevad faktorid, mille alla kuuluvad muuhulgas vanus, toitumine, ravimite tarbimine ja füüsiline aktiivsus. Geneetika mõju meie tervisele ning selle roll erinevate haiguste juures on uuritud pikalt, kuid samas on mikrobioomi ning inimesegeneetika vaheliste seoste uurimine alles algusjärgus.

Õppekava:
geenitehnoloogia

Eriala:
geenitehnoloogia

DSpace

20. juunil 2022 kl 16.00 kaitses Ludovica Molinaro oma doktoritööd „Ancestry deconvolution of Estonian, European and Worldwide genomic layers: a human population genomics excavation“ („Eesti, Euroopa ja üleilmsete inimgenoomide geneetilise päritolu kihtide lahtikaevamine“).

Õppekava:
geenitehnoloogia

Eriala:
geenitehnoloogia

Juhendajad:
Luca Pagani, Tartu Ülikool
Francesco Montinaro, Tartu Ülikool
Mait Metspalu, Tartu Ülikool

Oponent:
dr. Priya Moorjani, California Ülikool (USA)

DSpace

Kokkuvõte
Tänapäeval eeldame sageli, et meie moodne eluviis on minevikust parem, ja et mida kaugemale me ajas tagasi läheme, seda enam heitlesid mineviku inimesed kehvade elutingimuste või küündimatu tehnoloogiaga. Pole üllatav, et ajaloolised ja arheoloogilised uuringud äratavad meist paljude uudishimu – nende tõttu oleme sunnitud oma tänapäevast uskumuste süsteemi ümber kujundama ning jahmuma sellest, kui palju mineviku populatsioonid tegelikult saavutada suutsid. Mineviku inimesed olid organiseerunud ühiskonnaks, nad liikusid, rändasid, jagasid ideid, kultuure ja tehnoloogiaid – ja me leiame ikka veel nende kokkupuudete jälgi. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks mineviku kokkupuudete jälgede uurimine geneetilistes andmetes.

Populatsioonide kokkupuudet nimetatakse segunemissündmuseks, mis tekitab segunenud populatsioone. Lähenemisviisiga, mida nimetatakse põlvnemise lahtiharutamiseks (Ancestry Deconvolution, AD), saame segunenud grupi geneetilist mosaiiki analüüsida, ajades segunemise osaliste jälgi, ja segunemissündmust täpsemalt iseloomustada.

AD lähenemisviiside seas on meetodid, mida nimetatakse lokaalse põlvnemise tuletamiseks (Local Ancestry Inferences, LAI), mis võimaldavad tuletada antud päriliku lookuse põlvnemist. Sellistel kõrge lahutusastmega tuletustel on piirangud, mis mõnel juhul LAI tööriistade jõudlust tugevalt piiravad. Seega, rakendades LA-d segunenud populatsioonil, mida iseloomustab põlvnemine eri maailmajagudest, saame keskenduda tundmatute mineviku demograafiliste sündmuste avastamisele, kuid LA kasutamine maailmajao sisestel segunemistel, näiteks Euroopa populatsioonidel, nõuab metodoloogilist lähenemist, mis on kujundatud nii, et see võtab kõigepealt arvesse LA piiranguid.

Lõpuks saame kasutada AD ja LAI lähenemisviise, et esitada küsimusi väljaspool demograafilisi uuringuid. Teatud fenotüübi väljakujunemise tõenäosust on võimalik osaliselt ennustada polügeensete skooride (Polygenic Scores, PS) abil. Kuid genoomile mõjuv tohutuhulk muutujaid on populatsioonispetsiifilised ja tuletused pole eriti ühelt populatsioonilt teisele üle kantavad, mis takistab PS-i rakendatavust vähem uuritud või segunenud populatsioonidele.

Esitletakse kolme uuringut, mis arutlevad AD ja LAI võimaluste ja piirangute üle. Uuritakse segunemissündmust, milles said kokku väga erinevad populatsioonid eri maailmajagudest; väikesel skaalal segunemissündmuste, näiteks Euroopa rühmade puhul, lahtiharutamise piiranguid; ja lõpuks rakendatakse kogutud teadmisi, ületamaks polügeensete skooride kasutamise piiranguid segunenud populatsioonidel.

DSpace

26. augustil 2022 kell 14.15 kaitses Tina Saupe oma doktoritööd „The genetic history of the Mediterranean before the common era: a focus on the Italian Peninsula“ („Vahemere piirkonna geneetiline kujunemine enne meie ajaarvamist: fookusega Apenniini poolsaarele”).

Õppekava:
geenitehnoloogia

Eriala:
geenitehnoloogia

Juhendajad:
kaasprofessor Christiana Lyn Scheib, Tartu Ülikool
professor Mait Metspalu, Tartu Ülikool
kaasprofessor Toomas Kivisild, Tartu Ülikool
külalisprofessor Luca Pagani, Tartu Ülikool

Oponent:
dr. Carina Schlebusch, Uppsala Ülikool (Rootsi)

DSpace

Kokkuvõte
Rohkearvulised ja erisugused uuringud on panustanud meie arusaamisesse inimajaloost. Inimasustuse ajalugu Euroopas sisaldab mitmeid etappe, sealhulgas küttide-korilaste Lääne-Euraasias elamine paleoliitikumis, põlluharimise ja karjakasvatuse kasutuselevõtt läbi kontaktide Levantist ja Anatooliast (Lääne-Aasia) Euroopasse rännanud inimestega ja Ponto-Kaspia stepirahvaste migratsioon. Enamik senistest uuringutest on keskendunud üldistele geneetilistele muutustele Euroopas ja nende seostele arheoloogiliste tõendite ja ajalooliste sündmustega. Sellegi poolest on mõned Euroopa piirkonnad jätkuvalt väheuuritud ja neile keskendumine võib aidata täita lünki inimeste rändeajaloos. See doktoritöö keskendub geneetilise ja sotsiaalse struktuuriga seotud muutustele Apenniini poolsaarel viimase jääaja maksimumi lõpust Rooma vabariigi loomiseni umbes 2000 aastat tagasi. Uuringu tarbeks genereeriti ülegenoomsed andmed inimsäilmetest, mis pärinesid mitmetest arheoloogilistest leiukohtadest. Neid andmeid analüüsiti varem avaldatud Euraasia ülegenoomsete andmete kontekstis, et uurida ammuste populatsioonide geneetilist ülesehitust ja selle muutusi läbi aja. Lõplik andmestik koosneb Euraasia indiviididest, kes pärinevad paleoliitikumist (43–5 tuhat aastat enne meie aega) rauaajani (1100–700 aastat enne meie aega). Tulemused näitavad, et Apenniini poolsaart on mõjutanud järjestikused migratsioonid, mis peegelduvad tänapäeva itaallaste geenitiigis ja on jätnud jälje kultuuri. Täpsemalt saabus eneoliitikumi-pronksiaja üleminekul stepist pärit inimestega uus geneetiline komponent ning matmiskombestikus toimunud muutused viitavad muudatustele ka sotsiaalses struktuuris. Rauaajal võib Apenniini poolsaare kaguosas näha erinevaid päritolumustreid, millest nähtub suur geneetiline varieeruvus.

Kaitsmist sai jälgida ka videosilla (Zoom) vahendusel.

7. septembril 2022 kell 13.45 kaitses Katri Pärna oma doktoritööd „Improving the personalized prediction of complex traits and diseases: application to type 2 diabetes“ („Komplekstunnuste ja -haiguste personaalse ennetamise edendamine teist tüüpi diabeedi näitel“).

Õppekava:
geenitehnoloogia

Eriala:
geenitehnoloogia

Juhendajad:
professor Luca Pagani, Tartu Ülikool ja Padova Ülikool (Itaalia)
teadur Davide Marnetto, Torino Ülikool (Itaalia)
professor Harold Snieder, Groningeni Ülikool (Holland)
vanemteadur Ilja M. Nolte, Groningeni Ülikool (Holland)
professor Krista Fischer, Tartu Ülikool
professor Reedik Mägi, Tartu Ülikool

Oponent:
dr Ryan Daniel Hernandez, California Ülikool (Ameerika Ühendriigid)

DSpace

Kokkuvõte
Tänapäeva maailmas on komplekshaigused üheks juhtivaks haigestumuse ja suremuse põhjuseks. Komplekshaigused tekivad mitmete geneetiliste ja mitte-geneetiliste (nt elustiili ja keskkonna) riskitegurite ning nendevaheliste keerukate koosmõjude tulemusel. Kuna need haigused põhjustavad terviseprobleeme ja on liigselt koormavad tervishoiusüsteemidele, siis otsivad teadlased lahendusi, kuidas neid haigusi avastada veel enne nende väljakujunemist. On teada, et erinevused geneetiliste komponentide ja elustiili osas põhjustavad haigusriski varieerumist inimeste vahel, mistõttu üheks lahenduseks selliste keerukate haiguste ennetamisel peetakse personaalset lähenemist, mis inimese geneetilise ja mitte-geneetilise info põhjal ennustaks tema haigusriski. Käesolevas väitekirjas käsitleti komplekshaigusena teist tüüpi diabeeti (T2D), mis tekib kõrge veresuhkru taseme korral ning põhjustab õigeaegse ja korrektse ravi puudumisel tüsistusi. T2D teadaolevateks riskiteguriteks on kõrgem vanus, madal kehaline aktiivsus, liigne kaloraaž, madal sotsiaalmajanduslik staatus, suitsetamine ja alkoholi tarvitamine. Geneetilisi riskitegureid ja nende seoseid elustiili ning keskkondlike riskiteguritega on küll uuritud, aga haiguse keerukuse tõttu pole täpseid toimemehhanisme veel välja selgitatud. Seetõttu uuriti käesolevas väitekirjas inimese genoomi, et mõista, kuidas paremini kasutada geneetilist informatsiooni T2D riski prognoosimiseks. Selleks kasutati polügeenset riskiskoori (PRS), mis summeerib inimese haiguse tekke geneetilise riski ja mille abil tuvastatakse juba praegu kõrgesse T2D riskirühma kuuluvaid indiviide. Siiski on veel mitmeid vastakaid seisukohti praeguseks väljatöötatud PRS-ide geneetilise riski hindamises. Näiteks ei pruugi PRS-i ennustustäpsus olla piisav või seda ei ole võimalik arvutada iga indiviidi jaoks sarnaselt, kuna iga genoom on mõjutatud suure hulga riskitegurite poolt, mis võivad erinevates populatsioonides erineda. Käesoleva väitekirja teadusartiklitel põhinevad viis peatükki keskendusid personaliseeritud T2D ennetuse parendamisele geneetiliste meetodite kaudu, PRS-i metoodiliste piirangute käsitlemisele ning epigeneetiliste riskitegurite rolli uurimisele T2D korral. Esimeses peatükis valideeriti kahes suures Euroopa biopangas PRS-meetodina topeltkaalutud geneetiline riskiskoor. Teises peatükis töötati välja uued PRS-meetodid, et parandada PRS-i ülekantavust neile indiviididele, kelle esivanemad pärinevad erinevatest populatsioonidest, kelle genoomid olid segunenud ja keda oli tänu uudsete geneetiliste meetodite kasutamisele võimalik uurida. Kolmandas peatükis uuriti PRS-i ülekantavust kahe Euroopa populatsiooni vahel, kus genoomid võivad erineda mitmete populatsioonispetsiifiliste tegurite tõttu. Neljandas peatükis testiti metülatsiooniskooride (MS) seost T2D ja selle glükeemiliste endofenotüüpidega, et teha kindlaks, kas epigeneetilised mehhanismid vahendavad keskkonna ja geeni-keskkonna koosmõjusid T2D tekkes. Viiendas peatükis anti ülevaade genoomika valdkonna viimastest arengutest ning nende rakendamise võimalustest personaalmeditsiinis just Eesti Geenivaramu näitel. Töö tulemused näitasid, et topeltkaalutud GRS töötas paremini kui traditsiooniline GRS. Uued PRS-id, mis kasutasid geneetilise lookuse kindlast populatsioonist põlvnemise hindamise meetodit, parandasid komplekstunnuste prognoosimise täpsust hiljuti segunenud indiviidide puhul, kes varasemalt jäeti geneetilistest uuringutest välja, kuid uudse PRS meetodi tõttu on võimalik neid nüüd kaasata personaalmeditsiini uuringutesse. Uudne populatsioonistruktuuri korrigeerimisviis geneetilistes analüüsides ei parandanud PRS ülekantavust kahe Euroopa kohordi vahel ja isegi traditsioonilise lähenemisviisiga saadud PRS sisaldas populatsioonistruktuuri. MS-id näitasid, et epigeneetika on võimalik molekulaarne vahelüli, mis peegeldab keskkonna ja elustiili mõju T2D-le ja selle endofenotüüpidele. Töö tulemused näitavad komplekstunnuste ja -haiguste personaalse ennetuse täpsema ja laialdasema rakenduse võimalikkust, mis viib meid sammu lähemale personaalmeditsiinile eesmärgiga pikendada inimeste tervena elatud aastate arvu.

Kaitsmine toimus Groningeni Ülikooli aulas (Broerstraat 5, Groningen, Holland) kell 12.45 (Hollandi aeg). Veebilink: www.rug.nl/digitalphd.

Välja anti ühiskraad kahe ülikooli poolt.

9. septembril 2022 kell 12.15 kaitses Nele Taba oma doktoritööd „Diet, blood metabolites, and health“ („Toitumine, vere metaboliidid ja tervis“).

Juhendajad:
professor Krista Fischer, Tartu Ülikool
professor Tõnu Esko, Tartu Ülikool
Nicola Pirastu, Edinburghi Ülikool (Ühendkuningriik)
professor Andres Metspalu, Tartu Ülikool

Oponent:
professor Hannelore Daniel, Müncheni Tehnikaülikool (Saksamaa)

Õppekava:
molekulaar- ja rakubioloogia

Eriala:
molekulaarne biomeditsiin

DSpace

Kokkuvõte

Täpsem arusaam, kuidas ja mille kaudu toitumine tervist mõjutab, loob soodsa pinnase tervist edendavatele personaliseeritud toitumissoovitustele. Üks võimalus toitumise ja tervise vaheliste seoste selgitamiseks on uurida veres ringlevate metaboliitide tasemeid, kuna need on mõjutatud toitumisest ning on omakorda erinevate haiguste ennustajateks. Käesoleva doktoritöö eesmärgiks on anda vere metaboliitide uurimise kaudu lisateadmisi selle kohta, kuidas toitumine mõjutab tervist. Esmalt kasutasime Mendeli Randomiseerimise (MR) meetodit, et tuvastada, milline on toitumisvalikute potentsiaalselt põhjuslik mõju vere metaboliitidele. Kuna leitud tulemused ühtisid varasemate randomiseeritud uuringutega ning olid osalt vastuolus vaatlusuuringutega, tõestasime et MR on sobiv ja kasulik meetod toitumise mõju uurimiseks. Kokku leidsime 413 potentsiaalselt põhjuslikku seost. Muuhulgas viitavad tulemused, et nii kohvi kui ka alkohoolsete jookide suurem tarbimine tõstab madala ja keskmise tihedusega lipoproteiinidega seotud metaboliitide tasemeid, samas kui väga madala tihedusega lipoproteiinidega seotud metaboliitide tasemetele tundub mõju olevat vaid suuremal kohvi tarbimisel, aga mitte alkoholi tarbimisel. Teiseks vaatlesime toidu neofoobia (FN) ja vere metaboliitide vahelisi seoseid ning leidsime, et kõrgem tulemus FN skaalal seostub madalamate omega-3 rasvhapetega seotud mõõtmistega. Lisaks, FN mõju tüüp 2 diabeedile ja südameveresoonkonna haigustele vajab kinnitust tulevaste uuringute poolt, kuna mõlema haiguse osas oli FN riski tõstev mõju väljendunud vaid ühes vaadeldud kahest kohordist. Kolmandaks uurisime, kas vere metaboliitide profiil kirjeldab inimese bioloogilist vanust (BA) ning kas erinevus sellise BA ja kronoloogilise vanuse vahel ennustab tervisenäitajaid. Leidsime, et metaboliitide-põhine BA võib olla populatsiooni-spetsiifiline ning seostub kardiovaskulaarsete riskifaktoritega. Lisaks viitavad meie tulemused sellele, et metaboliitide-põhine BA võib olla seotud toitumiskäitumisega. Kokkuvõttes annavad leitud tulemused uusi teadmisi toitumise, metaboliitide ja tervise omavaheliste seoste kohta ning on seega aluseks tulevastele randomiseeritud uuringutele mis loovad omakorda pinnase teadlikele tervist edendavatele personaliseeritud toitumissoovitustele.

16. septembril 2022 kell 10.15 kaitses Silva Lilleorg oma doktoritööd „Bacterial ribosome heterogeneity on the example of bL31 paralogs in Escherichia coli“ („Ribosoomide heterogeensus bakterites Escherichia coli bL31 paraloogide näitel“).

Juhendaja:
kaasprofessor Aivar Liiv, Tartu Ülikool

Oponent:
professor Isabella Moll, Viini Ülikool (Austria)

Õppekava:
molekulaar- ja rakubioloogia

Eriala:
molekulaarbioloogia

DSpace

Kokkuvõte
Selleks, et ellu jääda, kasvada ja paljuneda, vajavad organismid sadu erinevaid valke, mis toimivad struktuursete komponentide, ensüümide, signaalivahendajate, transpordi- ja säilitusmolekulidena. Lisaks sellele on elutähtis, et valgud oleksid funktsionaalsed sobivas koguses, õigel ajal ja vajalikus kohas – seetõttu on valgusüntees ja selle regulatsioon kesksemaid eluprotsesse. Kõiki valke sünteesivad ribosoomid, RNA-st ja valkudest koosnevad kompleksid. Bakteri ribosoom, selle doktoritöö uurimisobjekt, koosneb kolmest ribosoomi RNAst ja rohkem kui 50 ribosoomi valgust, mis jagunevad kahe subühiku vahel. Eksperimentaalselt on kindlaks tehtud, et nii päris- kui eeltuumsed organismid sisaldavad mõnevõrra erineva ülesehitusega ribosoome. Samas ei ole selle nähtuse – ribosoomide heterogeensuse – bioloogiline tähtsus teada. Käesoleva doktoritöö fookuses on soolekepikese (E. coli) teatud tüüpi ribosoomi valgud (paraloogid), millel on ühine eellane, kuid mis kodeerivad erinevaid valke. Küsimus on, kas E. coli ribosoomid on paraloogide poolest heterogeensed. Mis võiks olla sellise molekulaarse mitmekesisuse roll valgusünteesil ja bakterite kasvu jaoks? E. coli ribosoomide valgulise koostise analüüs tuvastas, et nii kiire kasvu korral kui statsionaarses kasvufaasis esinevad samaaegselt ribosoomi valkude paraloogide poolest heterogeensed ribosoomid. Kasvukatsed näitasid, et ribosoomi valk bL31 paraloogid (bL31A ja bL31B) on olulised, ent mitte samaväärsed bakterite kasvuks madalamatel temperatuuridel. Nimelt annab bL31A olemasolu bakterirakkudele kiire kasvu faasis kasvueelise võrreldes bL31B-ga. bL31A ja bL31B osalevad üksteisega samaväärselt optimaalse translatsiooni initsiatsiooni etapi kiiruse ja ribosoomi subühikute ühendamise tagamisel. Samas näitavad meie tulemused, et võrreldes bL31B-d sisaldavate ribosoomidega on bL31A-d sisaldavad ribosoomid protsessiivsemad ja teevad vähem vigu valgusünteesi käigus. Doktoritöö tulemused avardavad oluliselt teadmisi ribosoomide heterogeensusest bakterites ning ribosoomi valgu bL31 tähtsusest valgusünteesil.

17. oktoobril kell 14.15 kaitses Oliver Aasmets oma doktoritööd „The importance of microbiome in human health“ (,,Mikrobioomi väärtus terviseuuringutes“).

Juhendaja:
kaasprofessor Elin Org, Tartu Ülikool

Oponent:
dr. Thomas Sebastian B. Schmidt, Euroopa Molekulaarbioloogia labor (EMBL), Heidelberg (Saksamaa).

Õppekava:
molekulaar- ja rakubioloogia

Eriala:
molekulaarne biomeditsiin

DSpace

Kokkuvõte:
Tehnoloogia areng on andnud inimesele võimaluse uurida ümbritsevat maailma nurkade alt, mille jaoks veel mõned kümnendid tagasi võimalused puudusid. Üks selliseid teadusvaldkondi on inimese mikrobioomi ehk meie kehal ja kehas elavate mikroorganismide nagu näiteks bakterite ja viiruste uurimine. On teada, et mikrobioomil on oluline funktsioon inimese tervisele ning mikrobioomi kooslust omakorda mõjutavad suurel määral meie elustiil, toitumisharjumused, ümbritsev keskkond ning tervislik seisund. Just seosed haigustega on tekitanud huvi mikrobioomi kasutamiseks meditsiinilistes rakendustes. Doktoritöö eesmärk oli uurida, millised faktorid lisaks teadaolevatele on seotud meie soolestiku mikrobioomi kooslusega ning kuidas on mikrobioomi andmeid võimalik kasutada haiguste diagnoosimiseks ning haigusriskide hindamiseks. Esiteks uurisime teist tüüpi diabeeti ning näitasime, et mikrobioom aitab senisest täpsemalt ennustada muutusi veresuhkru regulatsiooni kirjeldavates parameetrites, milleks olid eelkõige insuliini eritamisega seotud näitajaid. Järgmiseks eesmärgiks oli kirjeldada Eesti populatsiooni soolestiku mikrorbioomi profiiili ning tuvasatada mikrobioomi kooslust mõjutavad faktorid. Eesti Geenivaramu terviseandmestikku kasutades tuvastasime, et antibiootikumide pikaajalisel korduval kasutamisel on akkumuleeruv mõju mikrobioomi kooslusele olenemata sellest, kas antibiootikume on kasutatud viimase kuue kuu jooksul. Analüüsides pikaajalise antibiootikumide mõju arvesse võtmine võimaldas omakorda täpsustada haigusspetsiifilisi muutusi mikrobioomis. Lisaks uurisime, kas soolestiku mikrobioomi abil inimeste grupeerimine võimaldaks ka kasutust kliinilistes rakendustes. Selgus, et selliselt mikrobioomi kooslust lihtsustades on võimalik küll anda hinnang inimese üldisele elustiilile, kuid tõendid haiguste diagnoosimisel või haiguste riski hindamiseks pole piisavalt tugevad. Kokkuvõttes on mikrobioomi uurimisel meditsiinis suur potentsiaal, mis võimaldab täiendada olemasolevaid võimalusi haiguste diagnoosimiseks ning riskide hindamiseks, kuid see eeldab täiendavaid teadmisi ja uuringuid.

21. novembril algusega kell 9.15 kaitses Henel Jürgens doktoritööd „Exploring post-translational modifications of histones in RNA polymerase II-dependent transcription“ („Histoonide post-translatsiooniliste modifikatsioonide uurimine RNA polümeraas II-sõltuvas transkriptsioonis“).

Juhendaja:
professor Arnold Kristjuhan, Tartu Ülikool

Oponent:
dr Domenico Libri, Montpellieri molekulaargeneetika instituut (Prantsusmaa)

Õppekava:
molekulaar- ja rakubioloogia

Eriala:
molekulaarbioloogia

DSpace

Kokkuvõte
Eukarüootsetes rakkudes on DNA pakitud koos histoonivalkudega struktuuri, mida nimetatakse kromatiiniks. DNA tihedalt kromatiini pakkimine tagab geneetilise materjali kompaktsuse, kui samas on see dünaamiline struktuur, mis võimaldab ligipääsu erinevatele DNA-l toimuvatele protsessidele, kaasa arvatud RNA polümeraas II-e poolt läbiviidavale geenide transkriptsioonile. Üheks peamiseks mehhanismiks kromatiini struktuuri muutmiseks rakus on histoonide modifitseerimine. Histoonide post-translatsioonilised modifikatsioonid (PTM-d) võivad muuta nii DNA ja histoonide vahelisi interaktsioone kui olla seondumiskohaks erinevatele efektorvalkudele, mis omakorda toovad transkriptsioonifaktorid ja regulatoorsed valgud teatud DNA piirkondadele. On leitud, et PTM-d on vajalikud kromatiini ja transkriptsiooni epigeneetilises reguleerimises, kuid milliste mehhanismide abil ja kuidas toimub modifikatsioonimustrite dünaamiline regulatsioon transkriptsioonis on veel selguseta. Käesolevas töös uuriti RNAPII transkriptsiooni mehhanisme ning histoonide PTM-ide ja nendele seonduvate faktorite rolli, kasutades mudelorganismina pagaripärmi Saccharomyces cerevisiae. Esmalt vaadeldi transkriptsiooni käigus moodustuva histoon H3 lüsiinijääk 36 metülatsioonimustri (H3K36) levikut ja eemaldamise dünaamikat. Leiti, et metüleerimine püsib rakkudes pärast transkriptsiooni toimumist võrdlemisi lühiajaliselt ning metülatsioonimärgise eemaldamiseks on vajalik nii demetülaaside ensümaatiline aktiivsus kui replikatsiooni käigus toimuv histoonide väljavahetamine. Järgnevalt uuriti histoonide modifikatsioonide mõju geeniekspressioonile olukorras, kus RNAPII kompleksist puudub üks subühik. Leiti, et sellistes stressitingimustes ei suuda rakud korrektselt reageerida tekkivatele DNA kahjustustele ning histoonide atsetüleerimine muutub rakkude elus püsimiseks hädavajalikuks. Antud töös uuriti ka atsüleerimist äratundva efektorvalgu Taf14 YEATS domeeni olulisust ja rolli transkriptsioonis. Täpsustati YEATS domeeni seondumissihtmärke ja leiti, et YEATS domeen osaleb transkriptsiooni pre-initsatsiooni kompleksi stabiliseerimises. Doktoritöö tulemused avardavad oluliselt teadmisi histoonide modifikatsioonide ja nendega seonduvate valkude olulisusest transkriptsiooni regulatsioonis.

29. novembril kell 10.15 kaitses Mari Tagel molekulaarbioloogia erialal doktoritööd „Finding novel factors affecting the mutation frequency: a case study of tRNA modification enzymes TruA and RluA“ („Mutatsioonisagedust mõjutavate tegurite otsinguil: tRNA modifikatsiooniensüümid TruA ja RluA mutatsiooniprotsessides“).

Juhendajad:
professor Maia Kivisaar, Tartu Ülikool
emeriitprofessor Jaanus Remme, Tartu Ülikool
teadur Heili Ilves, Tartu Ülikool

Oponent:
dr Ivan Matic, Institut Cochin (Prantsusmaa)

Õppekava:
molekulaar- ja rakubioloogia

Eriala:
molekulaarbioloogia

DSpace

KokkuvõteBakterid suudavad elada kõikjal, kuid karmide ja muutlike keskkonnatingimustega kohanemiseks on aga vaja geneetilist varieeruvust. Bakterites on selle põhiliseks allikaks mutatsioonid. Evolutsiooni mõistmiseks on vaja selgitada molekulaarseid mehhanisme, mis mõjutavad mutatsioonide tekkesagedust. Käesolevas töös kirjeldasin ja analüüsisin uut testsüsteemi, mis võimaldab tuvastada mutatsioonisagedust mõjutavaid faktoreid bakteriperekonnas Pseudomonas. Kirjeldatud testsüsteemi abil õnnestus mullabakteris Pseudomonas putida tuvastada nii varem kirjeldatud kui ka uusi mutatsioonisagedust mõjutavaid geene. Üllatavaim leid oli tRNA modifikatsiooniensüümide TruA ja RluA mõju mutatsioonisagedusele. tRNAd on väikesed molekulid, mis valgusünteesil kannavad valkude ehituskive ribosoomi. Selleks, et paremini oma funktsiooni täita, on paljud nukleotiidid tRNAdes modifitseeritud. Modifikatsioonidel võib olla palju ülesandeid, näiteks aitavad modifikatsioonid tRNAdel saavutada õiget struktuuri või suurendavad translatsiooni täpsust. TruA ja RluA modifitseerivad U nukleotiidi pseudouridiiniks, tehes seda erineval poolel tRNA antikoodonist. Näitasime, et TruA ja RluA tehtud modifikatsioonide puudumisel suureneb P. putidas mutatsioonisagedus. Mõistmaks paremini nende ensüümide olulisust, analüüsisime translatsiooni täpsust, stressi taluvust, proteoomi ja üldist elulemust P. putida TruA ja RluA defektsetes tüvedes. Lisaks sellele selgitasime võrdlevalt TruA ja RluA rolle ka Pseudomonas aeruginosa ja Escherichia coli rakkudes. Saadud tulemustest on näha, kuidas konserveerunud funktsiooniga valgud võivad põhjustada erinevates bakterites erinevaid fenotüüpe. Samuti ilmestab käesolev töö, kuivõrd mitmekesised ja ootamatud tegurid võivad mõjutada DNAs mutatsioonide teket.

Aeg ja koht: Teisipäeval, 30. märtsil 2021 kell 12.15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi Eesti Biokeskuse auditoorium) ja videosillas
Doktortöö teema: „Arüülsüsivesinike retseptori uurimine hiire munasarja granuloosarakkudes ja inimese embrüonaalsetes tüvirakkudes" ("Studies on aryl hydrocarbon receptor in murine granuIosa cells and human embryonic stem cells")
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia doktoriõppekava
Eriala: rakubioloogia

Töö DSpace'is

Juhendajad: TÜ molekulaar- ja rakubioloogia instituudi rakubioloogia professor Toivo Maimets ja epigeneetika professor Arnold Kristjuhan

Oponent: professor Xavier Coumoul, University Paris Descartes, Prantsusmaa

Aeg ja koht: Teisipäeval, 15. juunil 2021 kell 14.15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi Eesti Biokeskuse auditoorium) ja videosillas
Doktortöö teema: „Induse jõe oru inimeste, parside, India juutide ja Tharu hõimu geneetilise põlvnemise piiritlemine" ("Delineating genetic ancestries of people of the Indus Valley, Parsis, Indian Jews and Tharu tribe")
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia doktoriõppekava
Eriala: molekulaarbioloogia

Töö DSpace'is

Juhendajad: TÜ molekulaar- ja rakubioloogia instituudi populatsioonigeneetika professor Richard Villems ja Banaras Hindu ülikooli professor Gyaneshwer Chaubey

Oponent: professor Francesc Calafell, Pompeu Farba ülikool (Barcelona), Hispaania

Aeg ja koht: Teisipäeval, 24. augustil kell 10.15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi Eesti Biokeskuse auditoorium) ja videosillas
Doktortöö teema: „Iidsete Euraasia mõjude iseloomustamine tänapäeva inimgenoomides" ("Characterization of ancient Eurasian influences within modern human genomes")
Õppekava: geenitehnoloogia doktoriõppekava
Eriala: geenitehnoloogia

Töö DSpace'is

Juhendajad: TÜ GI külalisprofessor Luca Pagani, GI evolutsioonilise genoomika professor Mait Metspalu ja GI populatsioonigeneetika kaasprofessor Toomas Kivisild

Oponent: Dr Mehmet Somel, Associate Professor in Human Evolutionary Genetics at the Middle East Technical University of Ankara, Türgi

Aeg ja koht: Kolmapäeval, 25. augustil kell 11.15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi Eesti Biokeskuse auditoorium) ja videosillas
Doktortöö teema: „Taimede DNA tuvastamine metagenoomsetest proovidest" ("The identification of plant DNA in metagenomic samples")
Õppekava: geenitehnoloogia doktoriõppekava
Eriala: geenitehnoloogia

Töö DSpace'is

Juhendaja: TÜ professor Maido Remm

Oponent: Filipe Pereira, PhD (Coimbra Ülikool, Portugal)

Aeg ja koht: Teisipäeval, 31. augustil kell 11.15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi Eesti Biokeskuse auditoorium) ja videosillas
Doktortöö teema: „Ameerika populatsioonide genoomne portree" ("A genomic portrait of American populations")
Õppekava: geenitehnoloogia doktoriõppekava
Eriala: geenitehnoloogia

Töö DSpace'is

Juhendajad: TÜ GI moodsa populatsioonigeneetika teadur Francesco Montinaro, TÜ GI külalisprofessor Luca Pagani, TÜ GI evolutsioonilise genoomika professor Mait Metspalu

Oponent: Dr Cesar Fortes Lima, Uppsala Ülikool, Rootsi

Aeg ja koht: esmaspäev, 29. juuni 2020.a. kell 11.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi auditoorium) ja videosillas
Doktoritöö teema:
"Understanding the mechanisms of endometrial receptivity through integration of 'omics' data layers"
(Geeniekspressiooni andmete integreerimine teiste 'oomika' andmetega kirjeldamaks endomeetriumi retseptiivsuse mehhanisme)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarne biomeditsiin
Info DSpace'is
Juhendajad: TÜ genoomika instituudi juhtivteadur Reedik Mägi, TÜ genoomika instituudi juhtivteadur ning molekulaar- ja rakubioloogia instituudi professor Andres Metspalu, TÜ kliinilise meditsiini instituudi professor Andres Salumets
Oponent: Dr Stephan Beck (PhD FMedSci, Professor of Medical Genomics, UCL Cancer Institute University College London, Suurbritannia)

Aeg ja koht: kolmapäev, 26. august 2020. a. kell 10.15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi Eesti Biokeskuse auditoorium) ja videosillas
Doktoritöö teema: "Overview of the phylogeny and phylogeography of the Y-chromosomal haplogroup N in northern Eurasia and case studies of two linguistically exceptional populations of Europe - Hungarians and Kalmyks''
(,,Ülevaade Põhja_Euraasias laialt levinud Y_kromosoomaalse haplogrupi N fülogeneesist ja fülogeograafiast ning Euroopa kahe keeleliselt erandliku rahva - ungarlaste ja kalmõkkide - populatsiooniuuringud")
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: geenitehnoloogia
Töö DSpace'is
Juhendajad: TÜ genoomika instituudi vanemteadur Siiri Rootsi ning molekulaar- ja rakubioloogia instituudi professor ja genoomika instituudi juhtivteadur Richard Villems
Oponent: professor Maarten Larmuseaud, lnimese Geneetika osakond, Leuveni Ülikool, Belgia

Aeg ja koht: neljapäev, 27. august 2020. a. kell 11.15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi Eesti Biokeskuse auditoorium) ja videosillas
Doktoritöö teema: "Exploring the genetics of adverse events in pharmacotherapy using Biobanks and Electronic Health Records"
(,,Farmakoteraapias esinevate kõrvaltoimete geneetika uurimine biopankade ja elektrooniliste terviseandmete põhjal")
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarne biomeditsiin
Töö DSpace'is
Juhendajad: TÜ genoomika instituudi juhtivteadur Lili Milani ning molekulaar- ja rakubioloogia instituudi professor ja genoomika instituudi juhtivteadur Andres Metspalu
Oponent: professor Sir Munir Pirmohamed, Liverpooli Kuninglik Ülikool, Suurbritannia

Aeg ja koht: reede, 4. september 2020. a. kell 11.15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi Eesti Biokeskuse auditoorium) ja videosillas
Doktoritöö teema: "Mutagenic effect of transcription and transcription-coupled repair factors in Pseudomonas putida"
(,,Transkriptsiooni ja transkriptsiooniseoselist reparatsiooni vahendavate faktorite mutageenne mõju bakteris Pseudomonas putida")
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: geneetika
Töö DSpace'is
Juhendaja: professor Maia Kivisaar, molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: professor Elzbieta Kraszewska, Biokeemia ja Biofüüsika Instituut, Varssav, Poola

Aeg ja koht: reede, 18. september 2020. a. kell 14.15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi Eesti Biokeskuse auditoorium) ja videosillas
Doktoritöö teema: "Signals and responses of ColRS two-component system in Pseudomonas putida''
("ColRS süsteemi aktiveeriv signaal ning selle süsteemi roll Pseudomonas putida stressitaluvuses")
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: geneetika
Töö DSpace'is
Juhendaja: TÜ molekulaar- ja rakubioloogia instituudi geneetika vanemteadur Rita Hõrak
Oponent: professor Thorsten Mascher, Chair of General Microbiology, lnstitute of Microbiology, Technische Universität Dresden

Aeg ja koht: esmaspäev, 5. oktoober 2020 kell 15.15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi Eesti Biokeskuse auditoorium) ja videosillas
Doktoritöö teema: "Studies on aryl hydrocarbon receptor in the mouse granulosa cell model" ("Arüülsüsivesinike retseptor hiire munasarja granuloosarakkudes")
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: rakubioloogia
Töö DSpace`is
Juhendaja: Tartu Ülikooli rakubioloogia professor Toivo Maimets, TÜ molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: professor Jason Matthews, Oslo Ülikool, Norra

Aeg ja koht: teisipäev, 04. juuni 2019 kell 14:15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi auditoorium)
Doktoritöö teema: „Value of genomics for atherosclerotic cardiovascular disease risk prediction”
("Geeniinfo väärtus kardiovaskulaarhaiguste riski hindajana")
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarne biomeditsiin
Töö DSpace'is
Juhendajad: Tartu Ülikooli genoomika instituudi Eesti geenivaramu juhataja, genoomika ja biopankade juhtivteadur ning molekulaar- ja rakubioloogia instituudi biotehnoloogia professor Andres Metspalu ning genoomika instituudi asedirektor ja populatsiooni- ja funktsionaalse genoomika vanemteadur Tõnu Esko
Oponent: rahva tervise ja geneetika professor Martina Cornel, PhD, M.D., Kliinilise Geneetika / Amsterdami Rahva Tervise Uurimise Instituut Amsterdam UMC (Clinical Genetics/Amsterdam Public Health research institute Amsterdam UMC), Amsterdam, Holland

Aeg ja koht: teisipäev, 27. august 2019 kell 10.15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi auditoorium)
Doktoritöö teema: „The pleiotropic functions of ribosomal proteins eL19 and eL24 in the budding yeast ribosome”
(“Ribosoomi valkude eL19 ja eL24 funktsioonid pagaripärmi ribosoomis”)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarbioloogia
Töö DSpace'is
Juhendajad: professor Jaanus Remme ja vanemteadur Tiina Tamm, molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: professor Denis LJ Lafontaine, Molekulaarbioloogia ja Meditsiini Instituut, Brüsseli Vaba Ülikool, Belgia

Aeg ja koht: kolmapäev, 28. august 2019 kell 14.15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi auditoorium)
Doktoritöö teema: „On the origin of papillomavirus proteins”
(“Papilloomiviirustes esinevate valkude päritolu”)
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: bioinformaatika
Info DSpace'is
Juhendajad: vanemteadur Aare Abroi, tehnoloogiainstituut ja professor Maido Remm, molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: vanemteadur Andrew E. Firth, PhD, Patoloogia osakond, Cambridge’i Ülikool, Cambridge, Suurbritannia

Aeg ja koht: neljapäev, 12. september 2019. a. kell 10.15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi auditoorium)
Doktoritöö teema: „The prehistory of Estonia from a genetic perspective: new insights from ancient DNA”
(“Eesti esiajalugu geneetika vaatevinklist: uus teave vana DNA uuringutest”)
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: geenitehnoloogia
Info DSpace'is
Juhendajad: TÜ genoomika instituudi direktor ja vanemteadur Mait Metspalu, TÜ genoomika instituudi vanemteadur Kristiina Tambets ning TÜ genoomika instituudi vanemteadur ja Leuven KU professor Toomas Kivisild
Oponent: geneetika professor Daniel Bradley, PhD, Trinity College Dublin, Dublini Ülikool, Iirimaa

Aeg ja koht: esmaspäev, 07. oktoober 2019. a. kell 14.15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi auditoorium)
Doktoritöö teema: „Meandering along the mtDNA phylogeny; causerie and digression about what it can tell us about human migrations”
(“Uidates mtDNA fülogeneesi radadel; essee väikeste kõrvalepõigetega sellest, mida see meile inimese migratsioonidest kõnelda võib”)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarbioloogia
Info DSpace'is
Juhendajad: TÜ molekulaar- ja rakubioloogia instituudi professor Richard Villems ning TÜ genoomika instituudi direktor ja vanemteadur Mait Metspalu
Oponent: dotsent Rosa Fregel, PhD, Geneetika osakond, La Laguna Ülikool, Tenerife, Hispaania

Aeg ja koht: neljapäev, 17. oktoober 2019. a. kell 10.15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi auditoorium)
Doktoritöö teema: „Levansucrase Lsc3 and endo-levanase BT1760: characterization and application for the synthesis of novel prebiotics”
(“Levaansukraasi Lsc3 ja endo-levanaasi BT1760 iseloomustamine ja rakendatavus uudsete prebiootikumide tootmises")
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: geenitehnoloogia
Info DSpace'is
Juhendaja: TÜ molekulaar- ja rakubioloogia instituudi geneetika dotsent Tiina Alamäe
Oponent: professor Ebru Toksoy Öner, PhD, Biotehnoloogia osakond, Inseneriteaduskond, Marmara Ülikool, Istanbul, Türgi

Aeg ja koht: teisipäev, 12. november 2019. a. kell 10.15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi auditoorium)
Doktoritöö teema:
Genetic history of the Uralic-speaking peoples as seen through the paternal haplogroup N and autosomal variation of northern Eurasians
(“Uurali rahvaste geneetiline ajalugu läbi isaliini N ja autosoomse varieeruvuse prisma")
Õppekava: geenitehnoloogia
Info DSpace'is
Juhendajad: TÜ genoomika instituudi vanemteadurid Kristiina Tambets ja Siiri Rootsi ning TÜ molekulaar- ja rakubioloogia instituudi arheogeneetika professor Richard Villems
Oponent: dotsent Beniamino Trombetta, PhD, Bioloogia ja biotehnoloogia osakond “C. Darwin”, Rooma Sapienza Ülikool, Itaalia

Aeg ja koht: teisipäev, 20. märts 2018 kell 14:15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudis (Riia 23B/2, auditoorium 105)
Doktoritöö teema: „Irc3 is a mitochondrial branch migration enzyme in Saccharomyces cerevisiae”
("Mitokondriaalne DNA hargnemisi mobiliseeriv ensüüm Irc3")
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: biokeemia
Info Dspace'is
Juhendajad: professor Juhan Sedman, teadur Tiina Sedman
Oponent: professor Cyril Mark Sanders, Sheffieldi Ülikool, Suurbritannia

Aeg ja koht: teisipäev, 22. mai 2018 kell 12:15 Tartu Ülikooli genoomika instituudis, auditooriumis Riia 23b/2-105
Doktoritöö teema: "Genome structural variation modulating the placenta and pregnancy maintenance"
("Genoomi struktuursed varieeruvused platsenta ja raseduse mõjutajatena")
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: geenitehnoloogia
Info DSpace'is
Juhendaja: professor Maris Laan, bio- ja siirdemeditsiini instituut, Tartu Ülikool
Oponent: professor Julie C.Baker, Stanfordi Ülikool, Stanford, California, USA

Aeg ja koht: reede, 15. juuni 2018 kell 10:15 Tartu Ülikooli genoomika instituudis, auditooriumis Riia 23b/2-105
Doktoritöö teema: „Fis regulates Pseudomonas putida biofilm formation by controlling the expression of lapA”
(“Fis suurendab Pseudomonas putida biofilmi hulka, tõstes lapA ekspressiooni”)
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: geenitehnoloogia
Info DSpace'is
Juhendaja: dotsent Riho Teras, molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Tartu Ülikool
Oponent: professor Fernando Govantes, Pablo de Olavide Ülikool, Sevilla, Hispaania

Aeg ja koht: neljapäev, 21. juuni 2018 kell 10:15 Tartu Ülikooli genoomika instituudis, auditooriumis Riia 23b/2-105
Doktoritöö teema: „The role of global regulator Fis in regulating the expression of lapF and the hydrophobicity of soil bacterium Pseudomonas putida”
(“Globaalse regulaatorvalgu Fis-i roll lapF geeni ekspressiooni reguleerimisel ja rakupinna hüdrofoobsuse mõjutamisel mullabakteris Pseudomonas putida”)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: geneetika
Info DSpace'is
Juhendaja: dotsent Riho Teras, molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: juhtivteadur Carla C. C. R. de Carvalho, PhD, Instituto Superior Técnico, Lissaboni Ülikool, Lissabon, Portugal

Aeg ja koht: reede, 22. juuni 2018 kell 10:15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi auditoorium)
Doktoritöö teema: „Genomic imprinting in complex traits”
(“Geneetilise vermimise mõju komplekstunnustele”)
Info DSpace'is
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarne biomeditsiin
Juhendajad: Tartu Ülikooli genoomika instituudi bioinformaatika vanemteadur Reedik Mägi ning genoomika instituudi direktor ja molekulaar- ja rakubioloogia instituudi biotehnoloogia professor Andres Metspalu
Oponent: meditsiinigenoomika professor Stephan Beck, PhD, University College London, London, Suurbritannia

Aeg ja koht: kolmapäev, 29. august 2018 kell 10:15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi auditoorium)
Doktoritöö teema: „K-mer based methods for the identification of bacteria and plasmids”
(“K-meeridel põhinevad meetodid bakterite ja plasmiidide tuvastamiseks”)
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: bioinformaatika
Info DSpace'is
Juhendaja: Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudi professor Maido Remm
Oponent: professor Ole Lund, Bio- ja meditsiiniinformaatika osakond, Taani Tehnikaülikool, Lyngby, Taani

Aeg ja koht: reede, 21. september 2018 kell 12:15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23-217)
Doktoritöö teema: „Role of translesion DNA polymerases in mutagenesis and DNA damage tolerance in Pseudomonads"
("Spetsialiseeritud DNA polümeraaside osalus mutageneesil ja DNA kahjustuste tolereerimisel pseudomonaadides")
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: geneetika
Info DSpace'is
Juhendajad: Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudi professor Maia Kivisaar
Oponent: teadur, rühmajuht Vincent Pagès, PhD, Marseille Vähiuuringute Keskus (CRCM), Prantsusmaa

Aeg ja koht: reede, 28. september 2018 kell 10:15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi auditoorium)
Doktoritöö teema: „Utilization of α-glucosidic sugars by Ogataea (Hansenula) polymorpha”
(“α-glükosiidsete suhkrute kasutamine pärmil Ogataea (Hansenula) polymorpha”)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: mikrobioloogia
Info DSpace'is
Juhendaja: Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudi dotsent Tiina Alamäe
Oponent: dotsent Stefan Janecek, Molekulaarbioloogia Instituut, Slovakkia Teaduste Akadeemia, Bratislava, Slovakkia

Aeg ja koht: neljapäev, 15. november 2018 kell 10:15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi auditoorium)
Doktoritöö teema: „Physiological effects of the Pseudomonas putida toxin GraT”
(“Pseudomonas putida toksiini GraT mõju bakteri füsioloogiale”)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: geneetika
Info DSpace'is
Juhendajad: Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudi geneetika vanemteadur Rita Hõrak ja molekulaarbioloogia professor Jaanus Remme
Oponent: dotsent Ditlev Egeskov Brodersen, PhD, Molekulaarbioloogia ja Geneetika osakond, Aarhusi Ülikool, Taani

Aeg ja koht: esmaspäev, 10. detsember 2018 kell 10:15 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis (Riia 23b/2-105, Tartu Ülikooli genoomika instituudi auditoorium)
Doktoritöö teema: „Perspectives from human Y chromosome – phylogeny, population dynamics and founder events”
(“Vaade inimese Y kromosoomile – fülogenees, populatsiooni dünaamika ja asutajasündmused”)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarbioloogia
Info DSpace'is
Juhendajad: Tartu Ülikooli genoomika instituudi vanemteadur ja direktor Mait Metspalu, genoomika instituudi vanemteadur Ene Metspalu, genoomika instituudi vanemteadur Siiri Rootsi, genoomika instituudi vanemteadur Toomas Kivisild
Oponent: professor ja vanemteadur Agnar Helgason, Islandi Ülikool, deCODE Genetics, Reykjavik, Island

Aeg ja koht: reede, 20.01.2017 kell 10.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B/2 auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: „Comparative genome-wide DNA methylation studies of healthy human tissues and non-small cell lung cancer tissue”
(“Inimese tervete kudede ja mitteväikerakulise kopsuvähi võrdlevad ülegenoomsed DNA metülatsiooni uuringud”)
Info DSpace'is
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: molekulaardiagnostika
Juhendajad: TÜ Eesti geenivaramu vanemteadurid Neeme Tõnisson ja Lili Azin Milani
Oponent: prof. Stephan Beck, University College London, Suurbritannia

Aeg ja koht: reede, 24. märts 2017 kell 10:15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudis (Riia 23B/2, Eesti Biokeskuse auditoorium, ruum nr. 105)
Doktoritöö teema: „Processivity of cellulases and chitinases”
(“Tsellulaaside ja kitinaaside protsessiivsus”)
Info DSpace'is
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: geenitehnoloogia
Juhendaja: TÜ LTMR vanemteadur Priit Väljamäe
Oponent: dotsent Jerry Ståhlberg, Keemia ja Biotehnoloogia osakond, Rootsi Põllumajandusteaduste Ülikool (SLU), Uppsala, Rootsi

Aeg ja koht: reede, 21.aprill 2017 kell 10:15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudis (Riia 23B/2, Eesti Biokeskuse auditoorium, ruum nr 105)
Doktoritöö teema: „Scavenger receptors as a target for nucleic acid delivery with peptide vectors”
(“Püüdurretseptorid kui peptiididega nukleiinhapete rakku transportimise sihtmärgid")
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: rakubioloogia
Info DSpace'is
Juhendajad: LTMR professor ja LTTI vanemteadur Margus Pooga; LTMR teadur Kärt Padari
Oponent: professor Pirjo Laakkonen, arstiteaduskond, Helsingi Ülikool, Soome

Aeg ja koht: esmaspäev, 22. mai 2017 kell 10:15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudis (Riia 23B/2, Eesti Biokeskuse auditoorium, ruum nr 105)
Doktoritöö teema: "The Williams-Beuren syndrome chromosome region protein WBSCR22 is a ribosome biogenesis factor"
(“Williams-Beureni sündroomi kromosoomiregiooni valk WBSCR22 kui ribosoomi biogeneesifaktor")
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarbioloogia
Info DSpace'is
Juhendajad: LTMR professor Ants Kurg ja LTTI vanemteadur Reet Kurg
Oponent: professor Pierre-Emmanuel Gleizes, Toulouse-Paul Sabatier'i Ülikool, Prantsusmaa

Aeg ja koht: reede, 9. juuni 2017 kell 10:15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudis (Riia 23B/2, Eesti Biokeskuse auditoorium, ruum nr 105)
Doktoritöö teema: „In-depth analysis of factors affecting variability in thiopurine methyltransferase activity”
(“Uute tiopuriinmetüültransferaasi aktiivsust mõjutavate biomarkerite otsingul”)
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: molekulaardiagnostika
Info DSpace'is
Juhendajad: LTMR professor ja Eesti Geenivaramu direktor Andres Metspalu, Eesti Geenivaramu vanemteadur Lili Milani
Oponent: professor Ingolf Paul Erich Cascorbi, Kieli Christian Albrechti Ülikool, Kiel, Saksamaa

Aeg ja koht: neljapäev, 22. juuni 2017 kell 10:15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudis (Riia 23B/2, Eesti Biokeskuse auditoorium, ruum nr 105)
Doktoritöö teema: "The role of RIC8A in the development and regulation of mouse nervous system”
(“RIC8A roll hiire närvisüsteemis ja selle arengus”)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: arengubioloogia
Info DSpace'is
Juhendajad: LTMR professor ja LTTI vanemteadur Margus Pooga ja LTMR dotsent Tambet Tõnissoo
Oponent: professor David J. Price, Edinburgh Ülikool, Suurbritannia

Aeg ja koht: teisipäev, 22. august 2017 kell 14:15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudis (Riia 23B/2, Eesti Biokeskuse auditoorium, ruum nr 105)
Doktoritöö teema: „Genetic regulation of gene expression: detection of tissue- and cell type-specific effects”
(“Geeniekspressiooni geneetiline regulatsioon: koe- ja rakutüübi-spetsiifiliste efektide leidmine”)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarne biomeditsiin
Info DSpace'is
Juhendajad: Eesti Geenivaramu farmakogenoomika vanemteadur Lili Milani, Eesti Geenivaramu biostatistika vanemteadur Krista Fischer ning TÜ MRI biotehnoloogia professor ja Eesti Geenivaramu direktor Andres Metspalu
Oponent: dotsent Tuuli Lappalainen, PhD, New Yorgi Genoomikakeskus, Süsteemibioloogia teaduskond, Columbia Ülikool, New York, USA

Aeg ja koht: kolmapäev, 20. september 2017 kell 12:15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudis (Riia 23B/2, Eesti Biokeskuse auditoorium, ruum nr 105)
Doktoritöö teema: "The acquisition of cellulose chain by a processive cellobiohydrolase"
("Tselluloosiahela sidumine protsessiivse tsellobiohüdrolaasi poolt"
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: biokeemia
Info DSpace'is
Juhendaja: vanemteadur Priit Väljamäe, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Tartu Ülikool
Oponent: dotsent Kiyohiko Igarashi, Metsakeemia laboratoorium, Biomaterjaliteaduse osakond, Tokyo Ülikool, Jaapan

Aeg ja koht: reede, 15. detsember 2017 kell 10:15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudis (Riia 23B/2, Eesti Biokeskuse auditoorium, ruum nr 105)
Doktoritöö teema: „Dissecting the mechanism of enzymatic degradation of cellulose using low molecular weight model substrates”
("Tselluloosi ensümaatilise hüdrolüüsi mehhanismi uurimine madalmolekulaarsete mudelsubstraatide abil")
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: geenitehnoloogia
Info DSpace'is
Juhendaja: vanemteadur Priit Väljamäe, Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Tartu Ülikool
Oponent: dotsent ja uurija-professor Kristiina Kruus, PhD, Helsinki Ülikool, Helsinki; Tehnoloogia Uurimiskeskuses VTT OY, Espoo, Soome

Aeg ja koht: esmaspäev, 5.12.2016 kell 14.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: „Communicating genomic research results to population-based biobank participants”
(“Genoomsete teadustöötulemuste tagasiside populatsioonipõhise biopanga geenidoonoritele”)
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: geenitehnoloogia
Juhendajad: LTMR professor Andres Metspalu ja Singapuri Genoomi Instituudi töörühma juht dr Pauline Ng
Oponent: professor Helena Kääriäinen, Tervise ja Hoolekande Rahvuslik Instituut (National Institute for Health and Welfare), Helsingi, Soome
Info Dspace'is

Aeg ja koht: reede, 2.12.2016 kell 10.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: „Random walks in the stringent response”
(“Juhukõnnid translatsioonis ”)
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: geenitehnoloogia
Juhendajad: LTTI professor Tanel Tenson ja vanemteadur Vasili Hauryiliuk
Oponent: dr. Andrey L. Konevega, Ph.D., Molekulaar ja Radiatsiooni Biofüüsika osakonna juhataja, Peterburi Tuumafüüsika Instituut, Rahvuslik Uurimiskeskus „Kurchatov Institute“, Venemaa
Info DSpace'is

Aeg ja koht: teisipäev, 18.10.2016 kell 10.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: "The GraTA toxin-antitoxin system of Pseudomonas putida: regulation and role in stress tolerance"
("Pseudomonas putida toksiin-antitoksiin süsteem GraTA: regulatsioon ja osalus stressitaluvuses")
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: geneetika
Juhendaja: LTMR vanemteadur Rita Hõrak
Oponent: Prof. Laurence van Melderen, Brüsseli Vaba Ülikool, Brüssel, Belgia
Info DSpace'is

Aeg ja koht: teisipäev, 13.09.2016 kell 10.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: „RNA polymerase II-dependent transcription elongation in Saccharomyces cerevisiae”
(“RNA polümeraas II-sõltuva transkriptsiooni elongatsioon pagaripärmis Saccharomyces cerevisiae”)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: rakubioloogia
Juhendaja: LTMR professor Arnold Kristjuhan
Oponent: Prof. Ann Ehrenhofer-Murray, Berliini Humboldti Ülikool, Berliin, Saksamaa
Info DSpace'is

Aeg ja koht: teisipäev, 30.08.2016 kell 10.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: „Studies on cellular and molecular mechanisms that drive normal and regenerative processes in the liver and pathological processes in Dupuytren’s contracture”
(“Terve ja kahjustatud maksa regeneratsioonis ning Dupuytren´i kontraktuuri progressioonis osalevate rakuliste ja molekulaarsete mehhanismide uurimine”)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: rakubioloogia
Juhendaja: LTMR vanemteadur Viljar Jaks
Oponent: Prof. Dr. Robert P. Coppes, PhD, UMCG, Groningeni Ülikool, Holland
Info DSpace'is

Aeg ja koht: reede, 26.08.2016 kell 10.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: „Studies on cell growth promoting AKT signaling pathway - a promising anti-cancer drug target“
(„Rakkude paljunemist soodustav AKT signaalirada kui potentsiaalne kasvajavastase ravi sihtmärk”)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: rakubioloogia
Juhendaja: LTMR vanemteadur Viljar Jaks
Oponent: teadusdirektor Juha Tapio Klefström, PhD, Arstiteaduskond, Helsinki Ülikool, Soome
Info DSpace'is

Aeg ja koht: kolmapäev, 24.08.2016 kell 10.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: „Translocation of cell-penetrating peptides across biological membranes and interactions with plasma membrane constituents“
(„Rakku sisenevate peptiidide membraani läbimise mehhanismid ja interaktsioonid plasmamembraani komponentidega”)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: rakubioloogia
Juhendajad: LTMR professor Margus Pooga
Oponent: direktor dr. Sandrine Sagan, PhD, Biomolekulide Laboratoorium, UMR7203 CNRS-ENS-UPMC, Pariis, Prantsusmaa
Info DSpace'is

Aeg ja koht: teisipäev, 23.08.2016 kell 10.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: „MicroRNAs in disease and health: aberrant regulation in lung cancer and association with genomic variation”
(“MikroRNAde roll haiguste kujunemisel: aberratsioonid kopsuvähis ning seosed genoomse varieeruvusega”)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarbioloogia
Juhendaja: Tartu Ülikooli Eesti Geenivaramu vanemteadur Tarmo Annilo
Oponent: vanemteadur Manlio Vinciguerra, PhD (ingl. Principal Research Associate), Institute for Liver & Digestive Health, University College London, London, Suurbritannia
Info DSpace'is

Aeg ja koht: esmaspäev, 22.08.2016 kell 10.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: „The role of RIC8A in mouse development and its function in cell-matrix adhesion and actin cytoskeletal organisation“
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: arengubioloogia
Juhendajad: LTMR professor Margus Pooga ja LTMR teadur Tambet Tõnissoo
Oponent: teadusdirektor professor Pekka Lappalainen, PhD, Helsingi Ülikooli Biotehnoloogia Instituut, Helsingi, Soome
DSpace

Aeg ja koht: kolmapäev, 15.06.2016 kell 10.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: Characterization of cell-penetrating peptide/nucleic acid nanocomplexes and their cell-entry mechanisms
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: rakubioloogia
Juhendajad: LTMR professor Margus Pooga ja teadur Kärt Padari
Oponent: professor Ines Neundorf, Biokeemia Instituut, Keemia teaduskond, Kölni Ülikool, Saksamaa
DSpace

Aeg ja koht: esmaspäev, 23.05.2016 kell 10.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: “Functions and regulation of the mammalian pseudokinase TRIB3”
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: geenitehnoloogia
Juhendajad: LTMR professor Jaanus Remme ja Eesti Biokeskuse vanemteadur Tõnis Örd
Oponent: dotsent Guillermo Velasco Diez, Madridi Complutense Ülikool, Hispaania
DSpace

Aeg ja koht: reede, 16.01.2015 kell 14.00 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: “Genetics of adaptive traits and gender-specific demographic processes in South Asian populations”
(“Adaptatiivsete tunnuste geneetika ja soo-spetsiifilised demograafilised protsessid Lõuna-Aasia populatsioonides”)
Info DSpace'is
Eriala: molekulaarbioloogia
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Juhendajad: TÜ LOMR arheogeneetika professor Richard Villems ning TÜ LOMR külalisprofessor ja Cambridge’i Ülikooli lektor Toomas Kivisild
Oponent: Doktor Sandra Beleza, Leicester’i Ülikooli lektor, Leicester, Suurbritannia

Aeg ja koht: teisipäev, 09.06.2015 kell 15.00 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: Studies on artificial and extracellular matrix protein-rich surfaces as regulators of cell growth and differentiation
(Kunstlike ja rakuvälise maatriksi valkudega kaetud pindade osa rakkude kasvu ja diferentseerumise reguleerimises)
DSpace
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: rakubioloogia
Juhendajad: LOMR dotsent Sulev Ingerpuu, LOMR professor Toivo Maimets, LOMR vanemteadur Viljar Jaks
Oponent: professor dr Gerd Klein, Tübingeni Ülikool, Meditsiiniuuringute Keskus, Saksamaa

Aeg ja koht: kolmapäev, 17.06.2015 kell 10.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: "Exploiting high-throughput data for establishing relationships between genes"
(Suuremahuliste andmete kasutamine geenidevaheliste seoste leidmiseks)
DSpace
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: bioinformaatika
Juhendajad: LOMR professor Juhan Sedman, ATI professor Jaak Vilo
Oponent: professor Boris Lenhard, Imperial College London, Suurbritannia

Aeg ja koht: kolmapäev, 26.08.2015 kell 10.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: "Analysis and visualisation of large scale microarray data"
("Paljude mikrokiibi andmestike suuremahuline analüüsimine ja visualiseerimine")
DSpace
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: bioinformaatika
Juhendajad: TÜ ATI professor Jaak Vilo ja LOMR professor Juhan Sedman
Oponent: Dr Gabriella Rustici, EMBL-EBI, Cambridge'i Ülikool, Suurbritannia

Aeg ja koht: neljapäev, 27.08.2015 kell 10.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: "Classification and identification of conopeptides using profile hidden Markov models and position-specific scoring matrices"
("Konopeptiidide klassifitseerimine ja kindlakstegemine varjatud Markovi mudelite ja positsioonisoetsiifiliste skoorimaatriksite abil")
DSpace
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: bioinformaatika
Juhendaja: LOMR professor Maido Remm
Oponent: Dr Helena Safavi-Hemami, Utah Ülikool, Salt Lake City, USA

Aeg ja koht: reede, 09.10.2015 kell 12.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: “Biochemical perspective on alphaviral nonstructural protein 2: a tale from multiple domains to enzymatic profiling”
(“Alfaviiruse nsP2 valk biokeemilisest vaatakohast: lugu mitmedomäänse valgu ensümaatilisest analüüsist”)
DSpace
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: geenitehnoloogia
Juhendajad: TÜ LOTI rakendusviroloogia professor Andres Merits ja teadur Aleksei Lulla
Oponent: teadusdirektor dr. Bruno Canard, CNRS, Aix Marseille Ülikool, Marseille, Prantsusmaa

Aeg ja koht: reede, 16.10.2015 kell 10.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: “Computational methods for DNA copy number detection”
(“Arvutuslikud meetodid DNA koopiaarvu määramiseks”)
DSpace
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: bioinformaatika
Juhendaja: LOMR professor Maido Remm
Oponent: lektor dr. Lars Feuk, Uppsala Ülikooli Immunoloogia, Geneetika ja Patoloogia osakond, Uppsala, Rootsi

Aeg ja koht: reede, 23.10.2015 kell 10.15 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: “Combating DNA damage and maintenance of genome integrity in pseudomonads”
(“DNA kahjustuste reparatsioon ja genoomi terviklikkuse tagamine pseudomonaadides”)
DSpace
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: geneetika
Juhendaja: LOMR professor Maia Kivisaar
Oponent: prof. Tone Tonjum, Oslo Ülikooli Kliinilise Meditsiini Instituut, Oslo Ülikooli Kliinikum, Oslo, Norra

Aeg ja koht: esmaspäev, 13. jaanuar 2014 kell 10.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23B auditooriumis 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: "Development of arrayed primer extension microarray assays for molecular diagnostic applications"
Eriala: molekulaardiagnostika
Õppekava: geenitehnoloogia
Juhendaja: LOMR biotehnoloogia professor Andres Metspalu
Oponent: Professor Aarno Palotie, Wellcome Trust Sangeri Instituut ja Soome Molekulaarse Meditsiini Instituut, Helsinki Ülikool, Helsinki, Soome
DSpace

Aeg ja koht: reede, 17. jaanuar 2014 kell 10.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23B auditooriumis 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: "The horizontal gene pool for aromatics degradation: bacterial catabolic plasmids of the Baltic Sea aquatic system"
Eriala: geneetika
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Juhendajad: LOMR geneetika professor Ain Heinaru ja geneetika vanemteadur Eve Vedler
Oponent: Professor Kornelia Smalla, Julius Kühn'i Instituut, Föderaalne Kultuurtaimede Uurimiskeskus, Epidemioloogia ja Patogeenide Diagnostika Instituut, Braunschweig, Saksamaa
DSpace

Aeg ja koht: teisipäev, 13. mai 2014 kell 10.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23B auditooriumis 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: „Global and fine-scale genetic determinants of recurrent pregnancy loss“
Eriala: geenitehnoloogia
Õppekava: geenitehnoloogia
Juhendaja: Maris Laan, TÜ LOMR inimese molekulaargeneetika professor
Oponent: Daniel Vaiman, professor, INSERM, Biomeditsiiniline Uurimisinstituut, Pariis, Prantsusmaa
DSpace

Aeg ja koht: teisipäev, 17. juuni 2014 kell 13.00 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23B auditooriumis 105 (Eesti Biokeskuse auditorium)
Doktoritöö teema: “RNA-Dependent RNA Polymerase Activity as a Basis for the Detection of Positive-Strand RNA Viruses by Vertebrate Host Cells"
Eriala: viroloogia
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Juhendaja: TÜ TI biomeditsiinitehnoloogia professor Mart Ustav
Oponent: Volker Lohmann, Heidelbergi Ülikool, Infektsioonhaiguste Teaduskond, Molekulaarse viroloogia osakond, Heidelberg, Saksamaa
DSpace

Aeg ja koht: neljapäev, 13. november 2014 kell 10.00
Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23B auditooriumis 105 (Eesti Biokeskuse auditorium)
Doktoritöö teema: „Chromosomal microarray analysis as diagnostic tool: Estonian experience“
Eriala: molekulaardiagnostika
Õppekava: geenitehnoloogia
Juhendajad: TÜ LOMR molekulaarse biotehnoloogia professor Ants Kurg ja TÜ ARLA kliinilise geneetika professor Katrin Õunap
Oponent: Dr. rer. nat. Hartmut Engels, Tsütogeneetika- ja molekulaarse tsütogeneetilise diagnostika laboratooriumi juhataja, Inimesegeneetika Instituut, Bonni Ülikool, Bonn, Saksamaa Liitvabariik
DSpace

Aeg ja koht: kolmapäev, 17.detsember 2014 kell 10.00
Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditorium)
Doktoritöö teema: „Mitochondria as integral modulators of cellular signaling“
Eriala: biokeemia
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Juhendaja: TÜ LOMR biokeemia professor Juhan Sedman
Oponent: Professor Xin Jie Chen, Upstate’i Meditsiini Ülikool, Syracuse, New York, USA
DSpace

Aeg ja koht: teisipäev, 23. aprill 2013 kell 14.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia Instituudis Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
“Platsenta geeniekspressioon normaalse ja komplitseeritud raseduse korral”
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: geenitehnoloogia
Juhendaja: TÜ LOMR inimese molekulaargeneetika professor Maris Laan
Oponent: professor Miguel Constancia, Cambridge'i Ülikool, Suurbritannia
DSpace

Aeg ja koht: teisipäev, 7. mai 2013 kell 12.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia Instituudis Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: “Studies on DNA replication initiation in Saccharomyces cerevisiae”
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: rakubioloogia
Juhendaja: LOMR vanemteadur Arnold Kristjuhan
Oponent: Doktor John Diffley, Ühendkuningriigi Vähiuurimise Keskus (Cancer Research UK), Londoni Uurimisinstituut, Suurbritannia
DSpace

Aeg ja koht: esmaspäev, 26. august 2013 kell 10.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: High-pressure spectroscopy study of chromophore-binding hydrogen bonds in light-harvesting complexes of photosynthetic bacteria
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: biokeemia
Juhendaja: LOMR biofüüsika ja taimefüsioloogia professor Arvi Freiberg
Oponent: professor Roland Winter, Dortmundi Ülikool, Saksamaa
DSpace

Aeg ja koht: neljapäev, 29. august 2013 kell 14.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia Instituudis Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: "Substrate specificity of the multisite specific pseudouridine synthase RluD"
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarbioloogia
Juhendajad: molekulaarbioloogia professor Jaanus Remme ja molekulaarbioloogia vanemteadur Aivar Liiv, TÜ molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: dotsent Petr V. Sergiev, Keemia teaduskond, Moskva Ülikool, Vene Föderatsioon
DSpace

Aeg ja koht: kolmapäev, 11. september 2013 kell 10.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23B auditorium 105 (Eesti Biokeskuse auditorium)
Doktoritöö teema „The application of oligonucleotide hybridization model for PCR and microarray optimization”
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: bioinformaatika
Juhendaja: LOMR bioinformaatika professor Maido Remm
Oponent: teadur Aleksander Pozhitkov, Peridontoloogia osakond, Washingtoni Ülikool, Seattle, Ameerika Ühendriigid
DSpace

Aeg ja koht: reede, 27. september 2013 kell 14.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditorium)
Doktoritöö teema: “Distribution and phylogeny of the bacterial translational GTPases and the Mqsr/YgiT regulatory system”
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: bioinformaatika
Juhendajad: LOMR bioinformaatika professor Maido Remm ja LOTI antimikroobsete ainete tehnoloogia professor Tanel Tenson
Oponent: professor Charles G. Kurland, Lundi Ülikool, Lund, Rootsi Kuningriik
DSpace

Aeg ja koht: neljapäev, 24. oktoober 2013 kell 15.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia Instituudis Riia 23B auditoorium 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: "Animal model of Wolfram Syndrome in mice: behavioural, biochemical, and psychopharmacological characterization"
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: arengubioloogia
Juhendajad: inimese füsioloogia professor Eero Vasar ja füsioloogilise genoomika professor Sulev Kõks (TÜ, arstiteaduskond, bio- ja siirdemeditsiini instituut), arengubioloogia professor Alar Karis, TÜ molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: dotsent Atso Raasmaja, Helsinki Ülikooli Farmaatsia teaduskond, Farmakoloogia teaduskond, Farmakoloogia ja Toksikoloogia osakond, Helsinki, Soome
DSpace

Kaitseb: Georgi Hudjašov
Aeg ja koht: neljapäev, 7. november 2013 kell 12.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23B auditooriumis 105 (Eesti Biokeskuse auditoorium)
Doktoritöö teema: "Maps of mitochondrial DNA, Y chromosome and tyrosinase variation in Eurasian and Oceanian populations"
Eriala: molekulaarbioloogia
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Juhendajad: LOMR külalisprofessor ja Cambridge'i Ülikooli õppejõud Toomas Kivisild ja LOMR arheogeneetika professor Richard Villems
Oponent: Professor Peter de Knijff, Inimesegeneetika osakond, Leideni Ülikooli Meditsiinikeskus, Leideni Ülikool, Holland
DSpace

Aeg ja koht: reede, 18. mai 2012 kell 12.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23-217
Doktoritöö teema:
„Alphaviral nonstructural protease and its polyprotein substrate: arrangements for the perfect marriage“
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: viroloogia
Juhendaja: TÜ TI professor Andres Merits
Oponent: Professor Ilya Frolov, Alabama Ülikooli mikrobioloogia ja immunoloogia teaduskond, Birmingham, Ameerika Ühendriigid
DSpace

Aeg ja koht: esmaspäev, 11. juuni 2012 kell 13.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia Instituudis Riia 23-217
Doktoritöö teema:
„Different genetic perspectives on human history in Europe and the Caucasus: the stories told by uniparental and autosomal markers“
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarbioloogia
Juhendajad: TÜ LOMR arheogeneetika professor Richard Villems ja Eesti Biokeskuse vanemteadur Siiri Rootsi
Oponent: Professor Antti Sajantila, Kohtumeditsiini osakond, Hjelt Instituut, Helsingi Ülikool, Soome Vabariik
DSpace

Aeg ja koht: reede, 15. juuni 2012 kell 10.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23-217
Doktoritöö teema:
“The application of tmRNA as a marker molecule in bacterial diagnostics using microarray and biosensor technology”
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: biotehnoloogia
Juhendaja: TÜ LOMR molekulaarse biotehnoloogia professor Ants Kurg
Oponent: Doktor Till Bachmann, Biokiipide uurimisgrupi juht, Biomeditsiiniteaduste kool, Edinburgh’i Ülikool, Suurbritannia
DSpace

Aeg ja koht: reede, 22. juuni 2012 kell 10.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia Instituudis Riia 23-217
Doktoritöö teema:
„Studies on the functions of tumor-associated mucin-like leukosialin (CD43) in human cancer cells“
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: rakubioloogia
Juhendajad: TÜ LOMR rakubioloogia professor Toivo Maimets ja rakubioloogia teadur Lilian Kadaja-Saarepuu
Oponent: Professor Galina Selivanova, Mikrobioloogia ning Kasvaja- ja rakubioloogia Keskus, Karolinska Instituut, Stockholm, Rootsi Kuningriik
DSpace

Aeg ja koht: neljapäeval, 23. augustil 2012. aastal kell 10.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23-217
Doktoritöö teema:
„Improvement of PCR primer design for detection of prokaryotic species”
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: bioinformaatika
Juhendaja: prof. Maido Remm, PhD, TÜ molekulaar- ja rakubioloogia instituut, bioinformaatika õppetool, bioinformaatika professor
Oponent: vanemteadur Martine Petronella Bos, Meditsiinilise mikrobioloogia ja infetsiooni kontrolli osakond, Amsterdami Vaba Ülikooli Meditsiinikeskus, Amsterdam, Hollandi Kuningriik
DSpace

Aeg ja koht: reede, 24. august 2012 kell 14.00 Eesti Biokeskuse auditooriumis 105, Riia 23b
Doktoritöö teema:
”Modifier view of the bacterial ribosome”
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarbioloogia
Juhendajad: TÜ LOMR molekulaarbioloogia professor Jaanus Remme ja vanemteadur Aivar Liiv
Oponent: professor Roland K. Hartmann, Farmatseutilise Keemia Instituut, Philipps’i Ülikool Marburgis, Marburg, Saksamaa
DSpace

Aeg ja koht: reede, 7. september 2012 kell 12.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23-217
Doktoritöö teema:
"Overcoming the plasma membrane barrier: uptake of amphipathic cell-penetrating peptides induces influx of calcium ions and downstream responses"
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: geenitehnoloogia
Juhendaja: TÜ LOMR arengubioloogia professor Margus Pooga
Oponent: Professor Roland Brock, Molekulaarse Eluteaduse Keskus, Nijmegen’i Radboundi Ülikool, Nijmegen, Hollandi Kuningriik
DSpace

Aeg ja koht: reede, 14. september 2012 kell 10.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23-217
Doktoritöö teema:
“Exploring the genomics of cognitive impairment: whole-genome SNP genotyping experience in Estonian patients and general population”
(“ Intellektipuude genoomsed põhjused: kogu-genoomi SNP genotüpiseerimisanalüüs Eesti patsientidel ja üldpopulatsioonis”)
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: geenitehnoloogia
Juhendaja: TÜ LOMR molekulaarse biotehnoloogia professor Ants Kurg
Oponent: Doktor Reinhard Ullmann, Inimese Molekulaargeneetika Osakond, Max Planck’i nimeline Molekulaargeneetika Instituut, Berliin, Saksamaa Liitvabariik
DSpace

Aeg ja koht: teisipäev, 25. september 2012 kell 14.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23-217
Doktoritöö teema:
„Levansucrases encoded in the genome of Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000: heterologous expression, biochemical characterization, mutational analysis and spectrum of polymerization products“
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: geneetika
Juhendaja: TÜ LOMR mikrobioloogia dotsent Tiina Alamäe
Oponent: Professor Maija Tenkanen, Helsingi Ülikool
DSpace

Aeg ja koht: reede, 19. oktoober 2012 kell 10.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23B (Eesti Biokeskuse auditoorium, ruum nr 105)
Doktoritöö teema:
„Studies on Semliki Forest virus replication and pathogenesis“
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: viroloogia
Juhendaja: TÜ tehnoloogiainstituudi rakendusviroloogia professor Andres Merits
Oponent: Dotsent Gorben Peter Pijlman, Wageningen’i Ülikool, Wageningen, Hollandi Kuningriik
DSpace

Aeg ja koht: reede, 19. oktoober 2012 kell 16.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23B (Eesti Biokeskuse auditoorium, ruum nr 105)
Doktoritöö teema:
“Novel applications of SNP array data in the analysis of the genetic structure of Europeans and in genetic association studies”
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: geenitehnoloogia
Juhendaja: TÜ LOMR biotehnoloogia professor ja TÜ Eesti Geenivaramu direktor Andres Metspalu
Oponent: professor Tiina Paunio, Helsinki Ülikool, Soome Vabariik
DSpace

Aeg ja koht: reede, 16. november 2012 kell 10.00 Tartu Ülikooli molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23 auditooriumis 217
Doktoritöö teema:
„Regulation of virulence in plant-pathogenic pectobacteria“
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: geneetika
Juhendaja: TÜ LOMR geneetika dotsent Andres Mäe
Oponent: vanemteadur Guy Condemine, Prantsusmaa Rahvuslik Teadusuuringute Keskus (CNRS), Lyon, Prantsusmaa
DSpace

Aeg ja koht: teisipäev, 20. november 2012 kell 10.15 Tartu Ülikooli peahonnes Ülikooli 18 ruumis 204
Doktoritöö teema:
"Influence of qPCR workflow on target gene enumeration from environmental samples in the case of bioremediation potential estimation"
Õppekava: keskkonnatehnoloogia (80343) mikroobsete protsesside suund
Eriala: keskkonnatehnoloogia
Juhendajad: TÜ LOOM keskkonnatehnoloogia professor Jaak Truu ja LOMR geneetika professor Ain Heinaru
Oponent: Professor Olli Heikki Tuovinen, PhD, Department of Microbiology, Ohio State University, USA
DSpace

Aeg ja koht: 21. jaanuar 2011 kell 14.00, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23-217
Doktoritöö teema:
„ColR-ColS signalling system and transposition of Tn4652 in the adaptation of Pseudomonas putida"
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarbioloogia
Juhendajad: TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituudi vanemteadur Rita Hõrak ja mikroobigeneetika professor Maia Kivisaar
Oponent: Doktor Vittorio Venturi, Rahvusvaheline Geenitehnika ja Biotehnoloogia Keskus, Trieste, Itaalia Vabariik
DSpace

Aeg ja koht: 4. mai 2011 kell 10.00, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23-217 Doktoritöö teema:
„Blood pressure genetics: from candidate genes to genome-wide association studies“
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarne biomeditsiin
Juhendajad: TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituudi professor Maris Laan ja vanemteadur Tarmo Annilo
Oponent: Professor Harold Snieder, Geneetilise Epidemioloogia ja Bioinformaatika Üksus, Gröningeni Ülikooli Meditsiinikeskus, Gröningeni Ülikool, Hollandi Kuningriik
DSpace

Aeg ja koht: 11. mai 2011 kell 10.00, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23-217 Doktoritöö teema:
“Studies on the role of helix 69 of 23S rRNA in the factor-dependent stages of translation initiation, elongation, and termination”
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarbioloogia
Juhendajad: TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituudi vanemteadur Aivar Liiv ja professor Jaanus Remme
Oponent: Professor Claudio O. Gualerzi, Looma ja Rakulise Molekulaarbioloogia Osakond, Camerino Ülikool, Camerino, Itaalia Vabariik
DSpace

Aeg ja koht: 2. juuni 2011 kell 10.00, Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Riia 23-217
Doktoritöö teema:
“Effect of antibiotics on ribosome assembly is indirect”
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarbioloogia
Juhendajad: TÜ MRI professor Jaanus Remme ja TÜ TI professor Tanel Tenson
Oponent: Professor James Russell Williamson, Scripps’i Uurimisinstituut, Kalifornia, Ameerika Ühendriigid
DSpace

Aeg ja koht: 13. juunil 2011 kell 10.00 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23-217
Doktoritöö teema:
"Identification and molecular analysis of the role of guanine nucleotide exchange factor RIC-8 in mouse development and neural function”
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: arengubioloogia
Juhendajad: TÜ MRI professorid Alar Karis ja Margus Pooga
Oponent: Professor Juha Partanen, Helsingi Ülikooli Biotehnoloogia Instituut, Helsingi, Soome Vabariik
DSpace

Aeg ja koht: 15. juunil 2011 kell 10.00 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23-217
Doktoritöö teema:
"Multiple faces of cell-penetrating peptides – their intracellular trafficking, stability and endosomal escape during protein transduction"
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: rakubioloogia
Juhendaja: TÜ MRI professor Margus Pooga
Oponent: Professor John Howl, Wolverhamptoni Ülikool, Wolverhampton, Suurbritannia
DSpace

Aeg ja koht: 22. augustil 2011. aastal kell 14.00 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23-217
Doktoritöö teema:
”Genetic predisposition to nonsyndromic orofacial clefts”
(”Mittesündroomsete suulõhede geneetiline eelsoodumus”)
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: molekulaardiagnostika
Juhendaja: TÜ MRI professor Andres Metspalu
Oponent: Alexandre Rezende Vieira, Pittsburgh'i Ülikool, USA
DSpace

Aeg ja koht: 23. augustil 2011. aastal kell 12.00 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituudis Riia 23-217
Ddoktoritöö teema:
“Studies on the mechanisms of RNA polymerase II-dependent transcription elongation"
("RNA polümeraas II-sõltuva transkriptsiooni elongatsiooni mehhanismide uurimine")
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: transgeenne tehnoloogia
Juhendaja: TÜ MRI vanemteadur Arnold Kristjuhan
Oponent: Professor Thomas A. Owen-Hughes, Dundee Ülikool, Šotimaa, Suurbritannia
DSpace

Aeg ja koht: 25. augustil 2011. aastal kell 12.00 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia Instituudis Riia 23-217
Doktoritöö teema:
“Gene expression profiling and genome-wide association studies of non-small cell lung cancer”
(“Mitteväikerakulise kopsuvähi kogu genoomi geeniekspressiooni- ja assotsiatsiooniuuringud”)
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: molekulaardiagnostika
Juhendaja: TÜ MRI professor Andres Metspalu
Oponent: Doktor Jörg Hoheisel, Funktsionaalse Genoomianalüüsi Osakond, Saksa Vähiuuringute Keskus, Heidelberg, Saksamaa
DSpace

Aeg ja koht: 25. novembril 2011. aastal kell 14.00 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia Instituudis Riia 23-217
Doktoritöö teema:
„Fine-scale genetic variation of follicle-stimulating hormone beta-subunit coding gene (FSHB) and its association with reproductive health“ („Folliikuleid-stimuleeriva hormooni beeta-alaühikut kodeeriva geeni (FSHB) järjestuse varieeruvus ja selle seos reproduktiivtervisega“)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarne biomeditsiin
Juhendaja: TÜ MRI professor Maris Laan
Oponent: Professor Ilpo Huhtaniemi, Paljunemise- ja Arengubioloogia Instituut, Londoni Riiklik Kolledž, London, Suurbritannia
DSpace

Aeg ja koht: 29. jaanuaril 2010 kell 14.00 Riia 23-217 TÜ Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituudis
Teema:"Genomics and transcriptomics of human induced ovarian folliculogenesis“
(„Stimuleeritud ovariaalne follikulogenees: geneetiliste faktorite uuring“)
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: molekulaardiagnostika
Juhendajad:TÜ MRI professor Andres Metspalu ja TÜ MRI biotehnoloogia õppetooli vanemteadur Andres Salumets
Oponent: Dotsent Antti Perheentupa, Turu Ülikool, Turu, Soome Vabariik
DSpace

Aeg ja koht: 12. märtsil 2010 kell 14.00 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituudis
Teema:"Photosynthetic cyclic electron transport – measurement and variably proton-coupled mechanism" (Tsükliline elektrontransport taimedes – selle mõõtmine ning mehhanism)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: taimefüsioloogia
Juhendajad: TÜ MRI vanemteadur Agu Laisk ja TÜ MRI vanemteadur Vello Oja
Oponent: Dotsent Giles Johnson, Manchesteri Ülikool, Suurbritannia
DSpace

Aeg ja koht: 9. aprillil 2010 kell 10.00 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituudis
Teema: „Genetic structure of the Estonian population and genetic distance from other populations of European descent“ („Eesti populatsiooni geneetiline struktuur ja geneetiline kaugus teistest Euroopa päritolu populatsioonidest“)
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: molekulaardiagnostika
Juhendaja: TÜ MRI professor Andres Metspalu.
Oponent: Markus Perola, Rahvusliku Rahvatervise Instituudi vanemteadur ja Helsinki Ülikooli dotsent, Soome Vabariik
DSpace

Aeg ja koht: 4. mail 2010 kell 10.00 Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia instituudis
Teema: Arrayed Primer Extension-2 as a multiplex PCR-based method for nucleic acid variation analysis: method and application" (Geenikiibil põhinev genotüpiseerimise meetod, APEX-2, kui paindlik lahendus DNA variatsioonide määramiseks).
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: molekulaardiagnostika
Juhendaja: TÜ MRI professor Andres Metspalu.
Oponent: Dr. Ivo G. Gut, Rahvuslik Genoomianalüüsi Keskus, Barcelona, Hispaania Kuningriik
DSpace

Aeg ja koht: 21. juunil kell 10.00 Riia 23-217 TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituudis
Teema: "Diversity of key catabolic genes at degradation of phenol and p-cresol in pseudomonads“
(„Kataboolsete võtmeensüüme kodeerivate geenide mitmekesisus fenooli ja p-kresooli lagundamisel pseudomonaadides“)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: mikrobioloogia
Juhendaja: TÜ MRI professor Ain Heinaru
Oponent: Professor Hermann J. Heipieper, Helmholz'i Keskkonnauuringute Keskus, Leipzig, Saksamaa
DSpace

Aeg ja koht: 21. juunil kell 14.15 Ülikooli 18-204
Teema:"Impact of phytoremediation and bioaugmentation on the microbial community in oil shale chemical industry solid waste“
(„Fütoremediatsiooni ja bioaugmentatsiooni mõju poolkoksi mikroobikooslusele“)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: keskkonnatehnoloogia
Juhendaja: TÜ MRI vanemteadur Jaak Truu, PhD
Oponent: Kim Yrjäla, PhD, (Department of Biological and Environmental Sciences, University of Helsinki)
DSpace

Aeg ja koht: 27. august kell 12.15
Teema:"Studies on bacterial ribosomes by chemical modification approaches"
("Bakteri ribosoomide uurimus keemilise modifitseerimise meetoditega")
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: transgeenne tehnoloogia
Juhendaja: TÜ MRI professor Jaanus Remme
Oponent: Dotsent Norbert Polacek, Innsbruck'i Meditsiini Ülikool, Innsbruck, Austria Vabariik
DSpace

Aeg ja koht: 17. septembril kell 12.00
Teema: "Study of the segregation mechanism of the Bovine Papillomavirus Type 1" (Veise papilloomiviiruse tüüp 1 segregatsioonimehhanismi uurimine)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: viroloogia
Juhendajad: Tartu Ülikooli Tehnoloogiainstituudi professor Mart Ustav ja Eesti Biokeskuse erakorraline vanemteadur Aare Abroi.
Oponent: Professor Cheng-Ming Chiang, Texase Ülikooli Kagu Meditsiinikeskus, Dallas, Texas, Ameerika Ühendriigid
DSpace

Aeg ja koht: 20. septembril kell 14.00
Teema: "The demographic history of India: a perspective based on genetic evidence" (India demograafiline ajalugu: pilt läbi geneetilise andmestiku)
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: molekulaarbioloogia
Juhendajad: TÜ MRI professor (peatatud) ja Eesti Biokeskuse vanemteadur Toomas Kivisild ja TÜ MRI vanemteadur Ene Metspalu
Oponent: Professor Jaume Bertranpetit Busquets, Pompeu Fabra Ülikool, Eksperimentaalse ja Terviseteaduse Osakond, Evolutsioonilise Bioloogia Instituut, Barcelona, Kataloonia, Hispaania Kuningriik
DSpace

Aeg ja koht: 19. novembril 2010 kell 12.00
Teema: "Genes involved in cardiovascular traits: detection of genetic variation in Estonian and Czech populations"(Südameveresoonkonna funktsioonis osalevad geenid: uued pärilikud DNA variandid Eesti ja Tšehhi populatsioonides)
Õppekava: geenitehnoloogia
Eriala: molekulaardiagnostika
Juhendaja: TÜ MRI professor Maris Laan
Oponent: Professor Kimmo Kontula, Helsingi Ülikool, Soome Vabariik
Dspace

Aeg ja koht: 20. detsembril 2010 kell 13.00
Teema:"Replication and Recombination of mitochondrial DNA in Yeast"
("Mitokondriaalse DNA replikatsioon ja rekombinatsioon pärmis")
Õppekava: molekulaar- ja rakubioloogia
Eriala: biokeemia
Juhendaja: TÜ MRI professor Juhan Sedman
Oponent: Professor Howard T. Jacobs, Tampere Ülikool, Soome Vabariik
DSpace

Aeg ja koht: 17. märtsil 2009 kell 14.00 Puusepa 8 - Linkbergi nim auditooriumis
Teema: "The genetic causes of mental retardation in Estonia: fragile X syndrome and creatine transporter defect"
("Vaimse arengu mahajäämuse geneetilised põhjused Eestis: fragiilne X sündroom ja kreatiini transporteri defekt").
Juhendajad: dots Katrin Õunap (TÜ lastekliinik) ja prof Ants Kurg (TÜ molekulaar- ja rakubioloogia instituut).
Oponent: prof Ben Hamel (Radboud University Nijmegen Medical Centre, Holland)
DSpace

Aeg ja koht: 25. märts 2009 kell 14:00 L.Puusepa 8 (A.Linkbergi nim. auditoorium)
Teema: "Inimese kooriongonadotropiini beeta alaühiku geenide ekspressioon ja varieeruvus ning korduv raseduse iseeneslik katkemine"
Juhendajad: Prof.Maris Laan, Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, Tartu Ülikool; Prof. Helle Karro, Sünnitusabi ja günekoloogia õppetool, Tartu Ülikooli Naistekliinik
Oponent: Prof. Marek Zygmunt, Greifswaldi Ernst-Moritz-Arndt nimeline ülikool
DSpace

Aeg ja koht: Reedel, 27. märtsil kell 15.15 TÜMRIs Riia 23-217
Teema: „Sequence motifs influencing the efficiency of translation“
(„Translatsiooni efektiivust mõjutavad järjestuse motiivid“)
Juhendajad: TÜ MRI prof. Maido Remm ja TÜ LOTI prof. Tanel Tenson
Oponent: Dr. Manuel Santos (Ph.D.), Aveiro Ülikoolist, Aveiro, Portugal
DSpace

Aeg ja koht: Reedel, 17. aprillil – kell 12.15 TÜMRIs Riia 23-217
Teema: “The role of specialized DNA polymerases in mutagenesis in Pseudomonas putida“
("Spetsialiseerunud DNA polümeraaside roll Pseudomonas putida rakkudes toimuvates mutatsiooniprotsessides")
Juhendajad: TÜ MRI prof. Maia Kivisaar ja Quattromed Cell Factory teadusdirektor Andres Tover
Oponent: Dr. Jesús Blázquez, Centro Nacional de Biotecnolog?a (CNB), Cantoblanco, Madriid, Hispaania
DSpace

Aeg ja koht: Neljapäeval, 30. aprillil kell 9.00 TÜMRIs Riia 23-217
Teema: “Semliki Forest virus based vectors and cell lines for studies of replication and interactions of Alphaviruses and Hepaciviruses”
(Semliki Forest viirusel põhinevad vektorid ja rakuliinid alfaviiruste ja hepatsiviiruste replikatsiooni ning interaktsioonide uurimisel)
Juhendaja: TÜ TI professor Andres Merits
Oponent: Professor Ari E. Hinkkanen, Kuopio Ülikooli Biotehnoloogia ja Molekulaarse Meditsiini osakond, Kuopio, Soome
DSpace

Aeg ja koht: Neljapäeval, 30. aprillil kell 12.00 TÜMRIs Riia 23-217
Teema: „Papillomavirus Replication Machinery Induces Genomic Instability in its Host Cell“
(„Papilloomiviiruse DNA replikatsioon põhjustab peremeesrakus geneetilist ebastabiilsust“)
Juhendaja: TÜ TI professor Mart Ustav
Oponent: Prof. Michael Botchan, Kalifornia Ülikoolist, Berkeley, Ameerika Ühendriigid
DSpace

Aeg ja koht: Neljapäeval, 7. mail kell 10.00 TÜMRIs Riia 23-217
Teema: “Human and chimpanzee Luteinizing Hormone/ Chorionic Gonadotropin Beta (LHB/CGB) gene clusters: diversity and divergence of young duplicated genes"
(”Inimese ja šimpansi Luteiniseeriva Hormooni/ Koorion Gonadotropiini Beeta (LHB/CGB) geeniklaster: liigisisene varieeruvus ning noorte duplitseeritud geenide lahknemine sõsar-liikides“)
Juhendaja: TÜ MRI erakorraline professor Maris Laan
Oponent: Prof. John Armour, Nottinghami Ülikoolist, Queen'si Meditsiinikeskusest, Nottinghamist, Suurbritannia
DSpace

Aeg ja koht: Teisipäeval, 30. juunil kell 10.00 TÜMRIs Riia 23-217
Teema: “The Role of Endocytosis in the Protein Transduction by Cell-Penetrating Peptides”
(“Endosomaalsed rajad rakku sisenevate peptiididega vahendatud valgutranspordil“)
Juhendaja: TÜ MRI professor Margus Pooga
Oponent: Dr. Arwyn Tomos Jones, Cardiff'i Ülikool, Cardiff, Suurbritannia
DSpace

Aeg ja koht: Neljapäeval, 3. septembril – kell 10.00 TÜMRIs Riia 23-217
Teema: “Ribosome assembly factors in Escherichia coli"
("Ribosoomide kokkupakkimise faktorid soolekepikeses Escherichia coli")
Juhendaja: TÜ MRI prof. Jaanus Remme
Oponent: Dr. Daniel N. Wilson, Müncheni Geenikeskus, Müncheni Ludwig-Maximiliani Ülikool, München, Saksamaa
DSpace

Aeg ja koht: Reedel, 20. novembril – kell 12.00 TÜMRIs Riia 23-217
Teema: “Mutagenic potential of DNA damage repair and tolerance mechanisms under starvation stress”
(“DNA kahjustuste parandamis- ja talumismehhanismide osalus nälgivates bakterirakkudes toimuvates mutatsiooniprotsessides“)
Juhendaja: TÜ MRI prof. Maia Kivisaar
Oponent: Prof. Caroline Kisker, Rudolf Virchowi Keskus, Würzburg, Saksamaa
DSpace

Aeg ja koht: Neljapäeval, 17. detsembril kell 12.00 TÜMRIs Riia 23-217
Teema: „Molecular variation of HIV-1 and the use of this knowledge in vaccine development“
(„HI-viiruse molekulaarne varieeruvus ja selle teadmise kasutamine vaktsiini väljatöötamisel“) (molekulaarbioloogia eriala)
Juhendajad: TÜ MRI erakorraline professor Richard Villems ja TÜ TI professor Mart Ustav
Oponent: Professor Paul Pumpens, Läti Biomeditsiiniliste Uuringute Keskus, Riia, Läti Vabariik
DSpace

Aeg ja koht: 18. detsember 2008 kl 14.15 TÜ nõukogu saalis
Teema "Impact of land use on microbial communities in Estonian soils"
(PhD kraadi saamiseks keskkonnatehnoloogia erialal)
Juhendajad: TÜ MRI vanemteadur Jaak Truu, TTÜ Tartu Kolledzi prof. Mari Ivask
Oponent: dotsent Per-Eric Lindgren, Linköpingi Ülikool, Rootsi
DSpace

Aeg ja koht: reedel, 28. novembril 2008 kell 12.00 TÜMRIs Riia 23-217
Teema: "Responses of Pseudomonas putida to phenol-induced metabolic and stress signals”
(„Pseudomonas putida vastused fenoolist tulenevatele metabolismi- ja stressisignaalidele”)
Juhendaja: TÜ MRI prof. Maia Kivisaar ja vanemteadur Rita Hõrak
Oponent: professor Juan L. Ramos, Estacion del Zaidin, Consejo Superior de Investigaciones Cientificas, Granada, Hispaania
DSpace

Aeg ja koht: reedel, 21. novembril 2008 kell 10.00 TÜMRIs Riia 23-217
Teema: "Design, functionalization and application of an in situ synthesized oligonucleotide microarray"
("In situ sünteesitud oligonukleotiidide mikrokiibi disain, funktsionaliseerimine ja rakendamine")
Juhendaja: TÜ MRI professor Andres Metspalu
Oponent: professor Joachim W. Engels, Orgaanilise Keemia Instituut, J.W. Goethe Ülikool, Frankfurt Maini ääres, Saksamaa
DSpace

Aeg ja koht Esmaspäev, 25. august, kl 12.00 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: “Studies on the stress-inducible pseudokinase TRB3, a novel inhibitor of transcription factor ATF4”.
("Uurimus stressi poolt indutseeritavast pseudokinaasist TRB3, transkriptsioonifaktori ATF4 uuest inhibiitorist")
Juhendaja: Eesti Biokeskuse vanemteadur Tõnis Örd ja Tartu Ülikooli Molekulaar- ja rakubioloogia Instituudi professor Jaanus Remme
Oponent: Dotsent Laura Korhonen, Minerva Meditsiiniline Uurimisinstituut, Helsingi, Soome
DSpace

Aeg ja koht Neljapäev, 21. august, kell 10.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: “Peptide mediated macrolide resistance”.
("Peptiidide poolt vahendatud makroliidiresistentsus")
Juhendaja: Tartu Ülikooli Tehnoloogia Instituudi professor Tanel Tenson
Oponent: Dotsent Birte Vester, Lõuna-Taani Ülikool, Odense, Taani
DSpace

Aeg ja koht Kolmapäeval, 18. juunil, kl 13 ülikooli nõukogu saalis
Teema: “Impact of biochemical parameters of genetically different pseudomonads at the degradation of phenolic compounds”
Juhendaja: prof Ain Heinaru, TÜ Molekulaar- ja Rakubioloogia Instituut, prof Toomas Tenno, TÜ Keemia Instituut
Oponent: prof Kalevi Pihlaja, Turu Ülikool, Soome
DSpace

Aeg ja koht Kolmapäev, 11. juuni – kell 14.00 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: "Methods and software for predicting PCR failure rate in large genomes"
("Meetodid ja tarkvara PCR praimerite töötamise ennustamiseks suurtes genoomsetes DNA järjestustes")
Juhendaja: prof. Maido Remm, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: dotsent Dong Xu, Missouri Ülikool, USA
DSpace

Aeg ja koht: 14. märtsil 2008 kl 10 Vanemuise 46-301
Teema: "Protein transduction mechanisms of transportans"
Juhendajad: vanemteadur Margus Pooga, PhD, erak. prof. Jüri Kärner, PhD, TÜ MRI
Oponent: prof. Gilles Divita, Montpellier'i Ülikool, Makromolekulaarse Biokeemia Uurimiskeskus, Prantsusmaa
DSpace

"Development and Evaluation of a Filter-Bed-Based System for Full-Scale Treatment of Industrial Landfill Leachate"
Juhendajad: Lennart Mathiasson, William Hogland, Ain Heinaru
Oponent: prof Rune Bakke, Telmark University College, Norway
Kaitstud: Center for Chemistry and Chemical Engineering, Lund University, Sweden, 27th September 2008

Aeg ja koht Reedel, 23. novembril 2007.a. kell 11, TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: "The role of DNA mismatch repair and oxidative DNA damage defense systems in avoidance of stationary phase mutations in Pseudomonas putida"
("DNA paardumisvigade reparatsiooni ja DNA oksüdatiivsete kahjustuste kaitsesüsteemide roll statsionaarse faasi mutatsioonide ärahoidmisel bakteris Pseudomonas putida")
Juhendaja: dotsent Maia Kivisaar (TÜMRI)
Oponent: Prof. Elzbieta Grzesiuk, (Biokeemia ja Biofüüsika Instituut, Varssav, Poola)
DSpace

Aeg ja koht Reedel 30. novembril 2007.a. kell 10.00, TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: "The linkage disequilibrium and the selection of genetic markers for association studies in European populations"
("Alleelne aheldatus ja geneetiliste markerite valik assotsiatsioonianalüüside läbiviimiseks Euroopa populatsioonides")
Juhendaja: prof Maido Remm (TÜMRI)
Oponent: Dr. Suzanne Eyheramendy, (Rahvuslik Tervise ja Keskkonna Uurimiskeskus, Epidemioloogia Instituut, München, Saksamaa)
DSpace

Aeg ja koht Kolmapäeval, 20 juunil kell 10.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: "Replication strategies and applications of Semliki Forest virus"
("Semliki Forest viiruse replikatsiooni strateegiad ja rakendused")
Juhendaja: prof Andres Merits (TÜ Tehnoloogiainstituut)
Oponent: Dr. Maarit Suomalainen (Haartman'i Instituut, Helsingi, Soome)
DSpace

Aeg ja koht Esmaspäeval, 15. jaanuaril kell 14.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: "Studies of the mitochondrial helicase Hmi1p in Candida albicans and Saccharomyces cerevisiae"
("Mitokondriaalse helikaasi Hmi1p uuringud pärmides Candida albicans ja Saccharomyces cerevisiae")
Juhendaja: prof Juhan Sedman
Oponent: dotsent Lubomir Tomaska, PhD (Comeniuse Ülikool, Bratislava, Slovakkia)
DSpace

Juhendajad: Prof. Marjo Salminen, Biotehnoloogia Instituut, Helsingi Ülikool, Prof. Alar Karis, Eesti Maaülikool
Oponent: Prof. Scott F. Gilbert, Swarthmore College, PA, USA.
Kaitstud TÜ Zooloogia- ja Hüdrobioloogia Instituudi nõukogus

Aeg ja koht Teisipäeval, 27. juunil kell 14.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: "Problem solving in web-based learning environment"
(Probleemide lahendamine veebipõhises õpikeskkonnas)
Juhendaja: dots. Tago Sarapuu, knd (bioloogia)
Oponent: prof. Ton de Jong, PhD (Twente Ülikool, Holland)
DSpace

Aeg ja koht Reedel, 12. mai 2006, kell 15.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Eriala: Biokeemia
Teema: "Biochemical properties of Hmi1p, a DNA helicase from Saccharomyces cerevisiae mitochondria”
(”Pärmi Saccharomyces cerevisiae mitokondriaalse helikaasi Hmi1p biokeemilised omadused")
Juhendaja: prof. Juhan Sedman
Oponent: Dr. Françoise Foury , PhD (Catholic University of Louvain, Belgium)
DSpace

Aeg ja koht Reedel, 17. märtsil 2006, kell 14.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Eriala: Molekulaarbioloogia
Teema: Stress-induced transposition of Tn4652 in Pseudomonas putida
(Pseudomonas putida transposooni Tn4652 aktiveerumine stressitingimustes)
Juhendaja: dots Maia Kivisaar, PhD ja Rita Hõrak, PhD
Oponent: prof. Dieter Haas (Lausanne Ülikool, Šveits)
DSpace

Aeg ja koht Neljapäeval, 19. Jaanuaril , kell 14.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: The comparative patterns of linkage disequilibrium in European populations and its implication for genetic association studies
(”Alleelse aheldatuse (LD) struktuuri uurimine Euroopa populatsioonides ja selle rakendused geneetilistes assotsiatsiooniuuringutes”)
Juhendaja: prof. Andres Metspalu
Oponent: prof. Aarno Palotie (Helsingi Ülikool, Soome)
DSpace

Teema: Behavioural and neurogenetic study of mechanisms related to cat odour induced anxiety in rodents
(Kassilõhna tekitatud ärevuse mehhanismide käitumuslik ja neurogeneetiline uurimus närilistel)
Juhendajad: Prof. Toomas Asser, Arstiteaduskond, Närvikliinik, prof. Alar Karis, Zooloogia ja Hüdrobioloogia Instituut, vanemteadur Sulev Kõks, Füsioloogia Instituut, Tartu Ülikool
Oponent: dotsent Atso Raasmaja, Helsingi Ülikool, Soome

Kaitstud Tartu Ülikooli arstiteaduskonnas.
DSpace

Aeg ja koht Esmaspäeval, 19. detsembril, kell 14.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: Through the course of prehistory in India: tracing the mtDNA trail
”India eelajaloo käsitlus mtDNA vaatevinklis”
Juhendaja: erakorraline prof. Richard Villems ja prof. Toomas Kivisild
Oponent: Antonio Salas Ellacuriaga, PhD (University of Santiago de Compostela, Spain)
DSpace

Aeg ja koht Reedel, 9. detsembril 2005, kell 10.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: Regulation of transcription from the fusion promoters generated by transposition of Tn4652 into the upstream region of pheBA operon in Pseudomonas putida
"Tn4652 transponeerumisel pheBA operoni ette tekkinud liitpromootoritelt lähtuva transkriptsiooni regulatsioon Pseudomonas putida´s”
Juhendaja: dots. Maia Kivisaar, PhD
Oponent: Suvi Taira, PhD (Helsingi Ülikool, Soome)
DSpace

Aeg ja koht: 21. oktoobril, kell 14.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: Characterization of the yeast Saccharomyces cerevisiae mitochondrial DNA helicase HMI1 (”Pärmi Saccharomyces cerevisiae mitokondriaalse DNA helikaasi iseloomustamine").
Juhendaja: prof. Juhan Sedman, knd(biol)
Oponent: prof. Jozef Nosek, (Comenius University, Slovakia)
Dspace

Aeg ja koht: 29. juunil, kell 10.00 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: Circadian clock genes in mammalian clockwork, metabolism and behaviour (”Ööpäeva rütme tekitavate geenide roll imetajate bioloogilises kellas, ainevahetuses ja käitumises”).
Juhendajad: prof. Andres Metspalu (TÜMRI); Cheng Chi Lee, PhD (University of Texas Health Science Center-Houston)
Oponent: prof. Martha Merrow (Gröningeni Ülikool, Holland)
DSpace

Aeg ja koht: 6. juunil, kell 9.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: Regulation of transcription of the phenol degradation pheBA operon in Pseudomonas putida (Fenooli lagundamiseks vajaliku pheBA operoni regulatsioon Pseudomonas putida rakkudes)
Juhendaja: dots. Maia Kivisaar (TÜMRI)
Oponent: Prof. Martin Romantschuk (Helsinki Ülikool)
Dspace

Aeg ja koht: 6. juunil, kell 12.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: Hexose kinases and glucose transport in the yeast Hansenula polymorpha (”Heksoosi kinaasid ja glükoosi transport pärmil Hansenula polymorpha”).
Juhendaja: dots. Tiina Alamäe (TÜMRI)
Oponent: Prof. Andrei A. Sibirny (Ukraina TA Rakubioloogia Instituut)
DSpace

Aeg ja koht: 20. mai, kell 14.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: Structure of the 2,4-dichlorophenoxyacetic acid-degradative plasmid pEST4011 (2,4-diklorofenoksüatsetaadi lagundamist tagava plasmiidi pEST4011 struktuur)
Juhendaja: Prof. Ain Heinaru (TÜ MRI)
Oponent: Prof. Jan Roelof van der Meer (Lausanne´i Ülikool, Shveits)
Dspace

Koht: kaitstud Turu Ülikoolis
Teema: Scaffolding of collaborative decision-maiking on environmental dilemmas

Koht: kaitstud Göteborgi Ülikoolis
Teema: Tumor biological aspects of the mucin-like glycoprotein CD43

Koht: 10. november, Tartu Ülikooli arstiteaduskond
Teema: Singlenucleotide polymorphism profiling of 22 candidate genes in mood and anxiety disorders
(„22 kandidaatgeeni ühenukleotiidsete polümorfismide profiilide seos meeleolu- ja ärevushäiretega”).
Juhendajad: Prof. Andres Metspalu (TÜ MRI), v-teadur Sulev Kõks (TÜ Arstiteaduskond).
DSpace

Aeg ja koht: 9. detsembril, kell 16.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: Human Y-chromosomal variation in European populations (Inimese Y-kromosomaalne varieeruvus Euroopa populatsioonides)
Juhendaja: Prof. Richard Villems (TÜ MRI)
Oponent: Dr. Peter Forster, PhD, Cambridge Ülikool, Suurbritannia
DSpace

Aeg ja koht: 27. augustil, kell 9.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: Studies on the structure-function relationship of the bacterial ribosome (”Uurimus bakteri ribosoomi struktuuri-funktsiooni seostest”)
Juhendaja: Prof. Jaanus Remme (TÜ MRI)
Oponent: Prof.A. Bogdanov, Dr.Sci., Moskva Ülikool, Venemaa
DSpace

Aeg ja koht: 28. juunil, kell 11.00 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: Regulation of p53-dependent transcription (”p53-sõltuva transkriptsiooni regulatsioon”)
Juhendaja: Prof. Toivo Maimets (TÜ MRI)
Oponent: Prof. Klas Wiman, M.D., PhD, Karolinska Instituut, Rootsi
DSpace

Aeg ja koht: 28. juunil, kell 15.00 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: Studies on modulation of the activity of tumor suppressor protein p53 (”Kasvaja supressorvalgu p53 aktiivsuse moduleerimisest”)
Juhendaja: Prof. Toivo Maimets (TÜ MRI)
Oponent: Prof. Varda Rotter, PhD, Weizmann Institute of Science, Israel
DSpace

Aeg ja koht: 29. juunil, kell 9.00 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: Oil shale industry wastewater: impact on river microbial community and possibilities for bioremediation (”Põlevkivitööstuse heitveed: mõju jõgede mikroobikooslusele ja bioremediatsiooni võimalused”)
Juhendaja: Prof. Ain Heinaru (TÜ MRI)
Oponent: Prof. Alexander Boronin, Dr. Sci., Mikroorganismide Biokeemia ja Füsioloogia Instituut, Venemaa
DSpace

Aeg ja koht: 29. juunil, kell 13.00 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: Natural horizontal transfer of the pheBA operon (”Uurimus pheBA operoni horisontaalsest levikust looduslikes tingimustes”)
Juhendaja: v-teadur Allan Nurk (TÜ Tehnoloogiainstituut)
Oponent: Prof. Martin Romantschuk, Helsinki Ülikool, Soome
DSpace

Aeg ja koht: 18. juunil, kell 9.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: Towards the understanding of post-glacial spread of human mitochondrial DNA haplogroups in Europe and beyond: a phylogeographic approach (”Inimese mitokondriaalse DNA haplogruppide jääajajärgsest levikust Euroopas ja kaugemal: fülogeograafiline analüüs”)
Juhendaja: Prof. Richard Villems (TÜ MRI)
Oponent: Prof. Kari Majamaa, Oulu Ülikool, Soome
DSpace

Aeg ja koht: 14. mai, kell 11.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: ”Cystic fibrosis in Estonia” (”Tsüstiline fibroos Eestis”)
Juhendaja: Prof. Andres Metspalu (TÜ MRI)
Oponent: Assoc. Prof. Milan Macek Jr. (Praha Bioloogia ja Meditsiinigeneetika Instituut, Tšehhi Vabariik)
DSpace

Aeg ja koht: 16. aprill, kell 12.15 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: The determinants for the native activities of the bovine papillomavirus type 1 E2 protein are separable
(Veise näsakasvajaviiruse tüüp 1 valgu E2 natiivseid aktiivsusi määravad determinandid on lahutatavad)
Juhendaja: Prof. Mart Ustav
Oponent: Prof. Dr. Saulius Klimasauskas (Vilniuse Biotehnoloogia Instituut; Leedu)
DSpace

Aeg ja koht: 17. oktoobril, kell 12.00 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: Virus-cell interactions in the replication cycle of bovine papillomavirus type I
Juhendaja: Prof. Mart Ustav
Oponent: Dr. Francoise Thierry, Institut Pasteur, Paris, France
DSpace

Aeg ja koht: 17. oktoobril, kell 14.00 TÜMRI's, Riia 23-217
Teema: Design and characterization of a novel vector system based on the stable replicator of bovine papillomavirus type I
Juhendaja: Prof. Mart Ustav
Oponent: Prof. Stefan Schwartz, Uppsala University, Sweden
DSpace

Aeg ja koht: 20. juunil, kell 9.00 Vanemuise 46 aud. 107
Teema: p53 – a switch in cellular circuit
Juhendaja: Prof. Toivo Maimets
Oponent: Prof. Horst-Werner Stuerzbecher (University of Luebeck, Germany)
DSpace

Aeg ja koht: 20. juunil, kell 12.00 Vanemuise 46 aud. 107
Teema: Characterization and genetic studies of four ATP-binding cassette (ABC) transporters
Juhendaja:
Oponent: Prof. Thomas Meitinger (Technische Universität München, Germany)
DSpace

Aeg ja koht: 10.jaanuaril, kell 12.00, TÜMRI, Riia 23- 217
Teema: Mutation detection by primer extension on oligonucleotide microarrays
Juhendaja: Prof. Andres Metspalu
Oponent: Dr. Jörg Dietrich Hoheisel, PhD ( German Cancer Research Center, Germany)
DSpace

12.04.2002
Regulation of transposition of transposon Tn4652 in Pseudomonas putida
(Pseudomonas putida transposooni TN4652 transpositsiooni regulatsioon)
Juhendaja: dotsent Maia Kivisaar, PhD, molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Tartu Ülikool
Oponent: Dr Harri Savilahti, Biotehnoloogia Instituut, Helsingi Ülikool, Soome
DSpace

14.12.2001
Role of two-component regulator system PehR-PehS and extracellular protease PrtW in virulence of Erwinia Carotovora subsp. carotovora
Juhendajad: Prof. Ain Heinaru, knd(biol), molekulaar- ja rakubioloogia instituut, dotsent Andres Mäe, PhD, molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Tartu Ülikool
Oponent: Ass.Prof. Robert Andersson, PhD, Rootsi Põllumajandusülikool, Uppsala, Rootsi
DSpace

Leaf apoplastic ascorbate as ozone scavenger and its transport across the plasma membrane
Juhendajad: Prof. Agu Laisk, dr(biol), molekulaar- ja rakubioloogia instituut, dotsent Heino Moldau, dr(biol), molekulaar- ja rakubioloogia instituut, Tartu Ülikool
Oponent: Dr Francesco Loreto, PhD, The National Research Council Institute of Plant Biochemistry and Ecophysiology, Italy
DSpace

Operationalisation of scientific and technological literacy in the teaching of science
Juhendaja: Jack Holbrook, PhD, Loodusteaduste didaktika lektoraat, Tartu Ülikool
Oponent: Prof. Robert Eugene Yager, PhD, Science Education Centre, University of Iowa, USA

Kaitstud: 21. jaanuar 2000
Teema:
"Cocksfoot mottle virus: the genome organisation and translational strategies“
("Keraheina laiguviirus: genoomne ülesehitus ja translatsiooni strateegiad“)
Juhendajad: prof Erkki Truve, Keemilise ja Bioloogilise Füüsika Instituut, prof Jaanus Remme, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: Prof Jari Valkonen (Swedish University of Agricultural Sciences, Uppsala, Sweden)
DSpace

Kaitstud: 3. märtsil 2000
Teema: „Structure-function relationship of the bovine papillomavirus E2 protein“
(„Veise papilloomiviiruse valgu E2 struktuuri ja funktsiooni seos“)
Juhendaja: prof Mart Ustav, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: Prof Dr Göran Magnusson (Sweden, Uppsala University Biomedical Centre)
DSpace

Kaitstud: 9. mail 2000
Teema: „The origins of southern and western Eurasian populations: AN mtDNA study“
(„Mitokondriaalse DNA varieerumine Lõuna- ja Lääne-Euraasia rahvastel ning nende päritolu“)
Juhendaja: prof Richard Villems, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: Dr Peter Forster (McDonald Institute for Archaeological Research, Cambridge University, UK)

Kaitstud: 15. mail 2000
Teema: „Studies of the TOL plasmid transcription factor Xyls"
(„Uurimus Xyls-valgust, TOL plasmiidi transkriptsioonifaktorist“)
Juhendaja: prof Mart Ustav, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: prof Dr Paul Broda (University of Manchester, UK)
DSpace

Kaitstud: 5. juunil 2000
Teema: „Modulation of viral DNA replication by tumor supressor protein p53"
(„Tuumorisuppressorvalk p53 kui viiruste DNA replikatsiooni modulaator“)
Juhendaja: prof Mart Ustav, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: prof Dr Per Elias (Sweden, Göteborg University, Institute of Biochemistry)

Kaitstud: 15. jaanuaril 1999
Teema: „Studies on mammalian ribosomal protein S7“
(„Imetajate ribosoomivalk S7: homoloogsete geenide isoleerimine ning valgu lokalisatsioon rakus“)
Juhendaja: prof Andres Metspalu, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: prof Francesco Amaldi, Rooma Ülikool, Itaalia
DSpace

Kaitstud: 8. juunil 1999
Teema: „Cholecystokinin (CCK) – induced anxiety in rats: influence of environmental stimuli and involvement of endopioid mechanisms and serotonin“
(„Koletsüstokiniinist põhjustatud ärevus – keskkonnastiimulite mõju ning seosed endopioidsete mehhanismidega ja serotoniiniga“)
Juhendaja: prof Eero Vasar, TÜ Füsioloogia instituut
Oponent: Prof Pekka V.Rauhala (Institute of Biomedicine, Department of Pharmacology and Toxicology, University of Helsinki)
DSpace

Kaitstud: 24. septembril 1999
Teema: „Electron microscopical analysis of the synaptonemal complex
formation in cereals“
(„Teraviljade sünaptoneemse kompleksi moodustumise elektonmikroskoopiline analüüs“)
Juhendaja:
Oponent: vanemteadur Jelena I.Mikhailova, PhD (Biological Institute, St. Petersburg State University, Russia)
DSpace

Kaitstud: 8. oktoobril 1999
Teema: „Interactions of galanin receptor with ligands and G-proteins: studies with synthetic peptides“
(„Galaniiniretseptori interaktsioonid ligandide ja G-valkudega: uurimus sünteetiliste peptiididega“)
Juhendajad: prof Mihkel Zilmer, TÜ Biokeemia instituut, prof Ülo Langel, Stockholmi Ülikooli Neurotoksikoloogia ja Neurokeemia Instituut
Oponent: Dots Anders Undèn, University of Stockholm, Sweden
DSpace

Kaitstud: 24. november 1999
Teema: „Studies on Mammalian Ribosomal Protein S3a Genes and Intron-encoded Small Nucleolar RNAs U73 and U82“
Juhendaja: prof Andres Metspalu, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: dots Naoya Kenmochi, PhD, University of the Ryukyus, Japan
DSpace

Kaitstud: 26. veebruaril 1998
Teema: „Cell penetrating peptide, transportan, and its predecessors, galanin-based chimeric peptides“
(„Rakku internaliseeruv peptiid transportaan ja tema eellased, galaniinil põhinevad kimäärsed peptiidid“)
Juhendaja: dots Ülo Langel, PhD, Department of Neurochemistry and Neurotoxocology, Stockholm University
Oponent: prof Mark Wheatley, Birmingham University, UK
DSpace

Kaitstud: 22. juunil 1998
Teema: „Ribosomal large subunit assembly in vivo“
Juhendaja: prof Jaanus Remme, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: prof Steen Pedersen, Kopenhaageni Ülikool, Taani
DSpace

Kaitstud: 23. oktoobril 1998
Teema: „Biological leaching of shales: black shale and oil shale“
Juhendaja: prof Ain Heinaru, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: Dr Stoyan Nikolov Groudev, Higher Institute of Mining and Geology, Sofia, Bulgaria
DSpace

Kaitstud: 12. novembril 1998
Teema: „Characterization of some human myeloid cell surface and nuclear differentiation antigens“
Juhendaja:
Oponent: Dr Laszlo Szekely, PhD, Karolinska Instituut, Stockholm, Rootsi
DSpace

Kaitstud: 12. novembril 1998
Teema: „Studies on transcriptional activator properties of tumor suppressor protein p53“
Juhendaja: prof Toivo Maimets, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponent: Klas G. Wiman, PhD, Karolinska Instituut, Stockholm, Rootsi
DSpace

Kaitstud: 25. aprillil 1997
Teema: „Human papillomavirus type 18: replication, transformation and gene expression“
(„Inimese papilloomiviirus tüüp 18: paljunemine, geeniekspressioon ja osalus kasvajate tekkel“)
Juhendaja: prof Mart Ustav, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponendid: prof dr Göran Magnusson (Sweden, Uppsala University Biomedical Centre), prof Jaanus Remme, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
DSpace

Kaitstud: 24. oktoobril 1997
Teema: „Ribosomes, peptides and antibiotic resistance“
Juhendajad: Dr Alexander Mankin, University of Illinois at Chicago, prof Jaanus Remme, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponendid: Dr Ivan Shatsky, Moskva Ülikool, Dr Juhan Sedman, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
DSpace

Kaitstud: 15. detsembril 1997
Teema: „Tuning the ribosomal elongation cycle by mutagenesis of 23S rRNA“
Juhendaja: prof Jaanus Remme, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponendid: prof Paul Pumpens, Biomedical Research and Study Centre, Latvia, van-teadur Mart Speek, Tartu Ülikool
DSpace

Kaitstud: 15. detsembril 1997
Teema: „The complete nucleotide sequence and infectious in vitro transcripts from cloned cDNA of a potato A potyvirus“
Juhendaja: prof Mart Saarma, Helsingi Ülikool, Soome
Oponendid: dots Alan Howard Schulman, PhD, Helsingi Ülikool, Soome, prof Mart Ustav, TÜ molekulaar- ja rakubioloogia instituut
DSpace

Kaitstud: 18. juunil 1996
Teema: "Cloning and characterization of human and mouse ribosomal protein S6-encoding genes"
Oponendid: prof. Richard Villems, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, prof. Paul Pumpens, Biomedical Research and Study Center, Latvia

Kaitstud: 18. juunil 1996
Teema: "Studies on specific and broad spectrum virus resistance in transgenic plants"
Oponendid: prof. Leevi Kääriäinen, Helsingi Ülikool, Soome; dots. Heino Moldau, Tartu Ülikool
DSpace

Kaitstud: 12. detsembril 1996
Teema: "E2 as the modulator of the BPV1 DNA replication"
Oponendid: prof. Paul Pumpens, Biomedical Research and Study Center, Latvia; dr Andres Merits, Keemilise ja Bioloogilise Füüsika Instituut, Tallinn

Kaitstud: 12. detsembril 1996
Teema: "Bovine leukemia virus: molecuar studies on the packaging region and DNA diagnostics in cattle"
Oponendid: prof. Bror Morein, BMC, Uppsala, Rootsi; prof. Mart Ustav, Tartu Ülikool, molekulaar- ja rakubioloogia instituut

Kaitstud: 23. detsembril 1996
Teema: "Role of helix-loop-helix and nuclear hormone receptor transcription factors in neurogenesis"
Oponendid: prof. Toivo Maimets, Tartu Ülikool, molekulaar- ja rakubioloogia instituut; dots. Madis
Metsis, Karolinska Instituut, Rootsi
DSpace

Kaitstud:
Teema: "Regulation of light neurofilament gene expression"
Juhendaja:
Oponent:

Kaitstud: 25. veebruaril 1993
Teema: „The genus Populus L. in Estonia: variation of the species biology and introduction“

Kaitstud: 25. veebruaril 1993
Teema: „Studies on the peptidyltransferase centre of the E.coli ribisome“
Juhendaja: prof Richard Villems, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponendid: prof Andres Metspalu, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, prof Valdis Berzins, Läti Molekulaarbioloogia Instituut

Kaitstud: 10. mail 1993
Teema: "Galanin and galanin antagonists"

Kaitstud: 16. septembril 1993
Teema: „The development of an automatic on-line dynamic fluorescence-based pH-dependent fiber optic penicillin flow-through biosensor for the control of the benzylpenicillin-hydrolysis“

Kaitstud: 16. septembril 1993
Teema: "Antigenic analysis and development of sensitive immunoassay for potato viruses"

Kaitstud: 8. oktoobril 1992
Teema: „Nucleotide sequences of phenol degradative genes from Pseudomonas sp. strain EST1001 and their transcriptional activation in Pseudomonas putida“
Juhendaja: prof Ain Heinaru, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponendid: prof Mart Ustav, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut, prof Paul Pumpens, Läti Molekulaarbioloogia Instituut

Kaitstud: 25. juunil 1992
Teema: „Conjugal mobilization of catabolic plasmids by transposable elements in helper plasmids“
Juhendaja: prof Ain Heinaru, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponendid: prof Aavo-Valdur Mikelsaar, TÜ Üld- ja molekulaarpatoloogia instituut, prof Aleksander Boronin, Venemaa TA Mikroorganismide Biokeemia ja Füsioloogia Instituut

Kaitstud 25. juunil 1992
Teema: „Studies on phenol degradation genes of Pseudomonas sp. strain EST1001“
Juhendaja: prof Ain Heinaru, TÜ Molekulaar- ja rakubioloogia instituut
Oponendid: prof Mart Saarma, Helsingi Ülikooli Biotehnoloogia Instituut, prof Aleksander Boronin, Venemaa TA Mikroorganismide Biokeemia ja Füsioloogia Instituut

Kaitstud: 9. septembril 1991
Teema: „Studies of human oncoprotein p53“
Oponendid: prof Mart Saarma, Helsingi Ülikooli Biotehnoloogia Instituut, prof Lev Kisjeljov, NSVL TA Molekulaarbioloogia Instituut
DSpace

"Rakubioloogia" õpik

Kaitstud doktoritööd

SIRELIN SILLAMAA „Helikaaside Hmi1 ja lrc3 roll pärmi mitokondriaalse DNA säilitamisel“

NATÀLIA PUJOL GUALDO „Naiste reproduktiivtervisega seotud tunnuste geneetiliste seoste tõlgendamine“

MAARJA JÕELOO „Arengud mikrokiibipõhiste koopiaarvu variatsioonide tuvastamises ja fenotüüpidega seostamises“

RAIN INNO „Platsenta transkriptoom ja miRNoom tervete ja komplikatsioonidega raseduste korral“

SIRLI ROSENDAHL „Kromosomaalsete toksiin-antitoksiin süsteemide mõju Pseudomonas putida kohasusele“

MATHILDE ANDRÉ „Anatoomiliselt kaasaegse inimese evolutsioon Uus Guineas: asustamise, arhailiste inimlastega segunemise ja kohastumuste aja lugu“

VLAD-JULIAN PILJUKOV „Irc3 helikaasi biokeemiliste parameetrite analüüs“

MARIANN KOEL „Trofoblastide ja endomeetriumi rakkude molekulaarsed interaktsioonid embrüo implantatsioonil“

KASPAR REIER „Muutused ribosoomi ja ribosoomiga seotud valkude kogustes soolekepikese statsionaarses kasvufaasis“

KREETE LÜLL „Inimese mikrobioomi mõjutavad faktorid ning seosed naiste tervisega“

LUDOVICA MOLINARO „Eesti, Euroopa ja üleilmsete inimgenoomide geneetilise päritolu kihtide lahtikaevamine“

TINA SAUPE „Vahemere piirkonna geneetiline kujunemine enne meie ajaarvamist: fookusega Apenniini poolsaarele”

KATRI PÄRNA „Komplekstunnuste ja -haiguste personaalse ennetamise edendamine teist tüüpi diabeedi näitel“

NELE TABA „Toitumine, vere metaboliidid ja tervis“

SILVA LILLEORG „Ribosoomide heterogeensus bakterites Escherichia coli bL31 paraloogide näitel"

OLIVER AASMETS „Mikrobioomi väärtus terviseuuringutes“

HENEL JÜRGENS „Histoonide post-translatsiooniliste modifikatsioonide uurimine RNA polümeraas II-sõltuvas transkriptsioonis“

MARI TAGEL „Mutatsioonisagedust mõjutavate tegurite otsinguil: tRNA modifikatsiooniensüümid TruA ja RluA mutatsiooniprotsessides“

ANTTI MATVERE "Arüülsüsivesinike retseptori uurimine hiire munasarja granuloosarakkudes ja inimese embrüonaalsetes tüvirakkudes"

AJAI KUMAR PATHAK "Induse jõe oru inimeste, parside, India juutide ja Tharu hõimu geneetilise põlvnemise piiritlemine"

BURAK YELMEN "Iidsete Euraasia mõjude iseloomustamine tänapäeva inimgenoomides"

KAIRI RAIME "Taimede DNA tuvastamine metagenoomsetest proovidest"

LINDA ONGARO "Ameerika populatsioonide genoomne portree"

VIKTORIJA KUKUŠKINA "Geeniekspressiooni andmete integreerimine teiste 'oomika' andmetega kirjeldamaks endomeetriumi retseptiivsuse mehhanisme"

HELEN POST "Ülevaade Põhja-Euraasias laialt levinud Y-kromosoomaalse haplogrupi N fülogeneesist ja fülogeograafiast ning Euroopa kahe keeleliselt erandliku rahva - ungarlaste ja kalmõkkide - populatsiooniuuringud"

KRISTI KREBS "Farmakoteraapias esinevate kõrvaltoimete geneetika uurimine biopankade ja elektrooniliste terviseandmete põhjal"

KÄRT UKKIVI "Transkriptsiooni ja transkriptsiooniseoselist reparatsiooni vahendavate faktorite mutageenne mõju bakteris Pseudomonas putida"

KADI TILK "ColRS süsteemi aktiveeriv signaal ning selle süsteemi roll Pseudomonas putida stressitaluvuses"

INDREK TEINO "Arüülsüsivesinike retseptor hiire munasarja granuloosarakkudes"

MARIS ALVER "Geeniinfo väärtus kardiovaskulaarhaiguste riski hindajana"

IVAN KISLY "Ribosoomi valkude eL19 ja eL24 funktsioonid pagaripärmi ribosoomis”

MIKK PUUSTUSMAA "Papilloomiviirustes esinevate valkude päritolu"

LEHTI SAAG "Eesti esiajalugu geneetika vaatevinklist: uus teave vana DNA uuringutest"

ERWAN PENNARUN "Uidates mtDNA fülogeneesi radadel; essee väikeste kõrvalepõigetega sellest, mida see meile inimese migratsioonidest kõnelda võib"

KARIN ERNITS "Levaansukraasi Lsc3 ja endo-levanaasi BT1760 iseloomustamine ja rakendatavus uudsete prebiootikumide tootmises"

ANNE-MAI ILUMÄE “Uurali rahvaste geneetiline ajalugu läbi isaliini N ja autosoomse varieeruvuse prisma"

ILJA GAIDUTŠIK "Mitokondriaalne DNA hargnemisi mobiliseeriv ensüüm Irc3"

LAURA KASAK "Genoomi struktuursed varieeruvused platsenta ja raseduse mõjutajatena"

HANNA AINELO “Fis suurendab Pseudomonas putida biofilmi hulka, tõstes lapA ekspressiooni”

ANDRIO LAHESAARE “Globaalse regulaatorvalgu Fis-i roll lapF geeni ekspressiooni reguleerimisel ja rakupinna hüdrofoobsuse mõjutamisel mullabakteris Pseudomonas putida”

NATALIA PERVJAKOVA “Geneetilise vermimise mõju komplekstunnustele”

MÄRT ROOSAARE “K-meeridel põhinevad meetodid bakterite ja plasmiidide tuvastamiseks”

TATJANA JATSENKO "Spetsialiseeritud DNA polümeraaside osalus mutageneesil ja DNA kahjustuste tolereerimisel pseudomonaadides"

KATRIN VIIGAND “α-glükosiidsete suhkrute kasutamine pärmil Ogataea (Hansenula) polymorpha"

ANDRES AINELO “Pseudomonas putida toksiini GraT mõju bakteri füsioloogiale”

MONIKA KARMIN “Vaade inimese Y kromosoomile – fülogenees, populatsiooni dünaamika ja asutajasündmused”

KAIE LOKK “Inimese tervete kudede ja mitteväikerakulise kopsuvähi võrdlevad ülegenoomsed DNA metülatsiooni uuringud”

MIHHAIL KURAŠIN “Tsellulaaside ja kitinaaside protsessiivsus”

CARMEN TALI “Püüdurretseptorid kui peptiididega nukleiinhapete rakku transportimise sihtmärgid"

KADRI ÕUNAP “Williams-Beureni sündroomi kromosoomiregiooni valk WBSCR22 kui ribosoomi biogeneesifaktor"

RIIN TAMM “Uute tiopuriinmetüültransferaasi aktiivsust mõjutavate biomarkerite otsingul”

KEIU KASK “RIC8A roll hiire närvisüsteemis ja selle arengus”

SILVA KASELA “Geeniekspressiooni geneetiline regulatsioon: koe- ja rakutüübi-spetsiifiliste efektide leidmine”

RIIN KONT "Tselluloosiahela sidumine protsessiivse tsellobiohüdrolaasi poolt"

JÜRGEN JALAK "Tselluloosi ensümaatilise hüdrolüüsi mehhanismi uurimine madalmolekulaarsete mudelsubstraatide abil"

LIIS LEITSALU “Genoomsete teadustöötulemuste tagasiside populatsioonipõhise biopanga geenidoonoritele”

STOYAN TANKOV “Juhukõnnid translatsioonis”

HEDVIG TAMMAN "Pseudomonas putida toksiin-antitoksiin süsteem GraTA: regulatsioon ja osalus stressitaluvuses"

KADRI PEIL “RNA polümeraas II-sõltuva transkriptsiooni elongatsioon pagaripärmis Saccharomyces cerevisiae”

JANELI VIIL “Terve ja kahjustatud maksa regeneratsioonis ning Dupuytren´i kontraktuuri progressioonis osalevate rakuliste ja molekulaarsete mehhanismide uurimine”

KRISTINA MÄEMETS-ALLAS "Rakkude paljunemist soodustav AKT signaalirada kui potentsiaalne kasvajavastase ravi sihtmärk"

JANELY PAE "Rakku sisenevate peptiidide membraani läbimise mehhanismid ja interaktsioonid plasmamembraani komponentidega"

URMO VÕSA “MikroRNAde roll haiguste kujunemisel: aberratsioonid kopsuvähis ning seosed genoomse varieeruvusega"

KATRIN RUISU "RIC8A roll hiire arengus ja funktsioon rakk-maatriks adhesioonis ning aktiini tsütoskeleti organiseerimises"

HELERIN MARGUS "Rakku sisenevate peptiidi/nukleiinhappe komplekside kirjeldamine ja nende rakku sisenemise mehhanismid"

TIIT ÖRD “Imetajate pseudokinaasi TRIB3 funktsioonid ja regulatsioon”

CHANDANA BASU MALLICK “Adaptatiivsete tunnuste geneetika ja soo-spetsiifilised demograafilised protsessid Lõuna-Aasia populatsioonides”

MARTIN POOK "Kunstlike ja rakuvälise maatriksi valkudega kaetud pindade osa rakkude kasvu ja diferentseerumise reguleerimises"

HEDI PETERSON "Suuremahuliste andmete kasutamine geenidevaheliste seoste leidmiseks"

PRIIT ADLER "Paljude mikrokiibi andmestike suuremahuline analüüsimine ja visualiseerimine"

SILJA LAHT "Konopeptiidide klassifitseerimine ja kindlakstegemine varjatud Markovi mudelite ja positsioonisoetsiifiliste skoorimaatriksite abil"

PRATYUSH KUMAR DAS “Alfaviiruse nsP2 valk biokeemilisest vaatakohast: lugu mitmedomäänse valgu ensümaatilisest analüüsist”

PRIIT PALTA “Arvutuslikud meetodid DNA koopiaarvu määramiseks”

JULIA SIDORENKO "DNA kahjustuste reparatsioon ja genoomi terviklikkuse tagamine pseudomonaadides”

ENELI OITMAA „Praimerekstensiooni meetodil põhinevate DNA kiipide kasutamine molekulaardiagnostikas"

JEKATERINA JUTKINA „Aromaatsete ühendite lagundajate mobiilne geenifond: Läänemere bakterite kataboolsed plasmiidid"

LIINA NAGIRNAJA „Korduva raseduse katkemise genoomsed ja geneetilised riskitegurid“

ANDREI NIKONOV "RNA-sõltuva RNA polümeraasi aktiivsuse kaudu on selgroogsete rakud võimelised tuvastama pluss ahelaga RNA viiruste nakkuse”